嘤嘤嘤 发表于 2025-7-15 10:21
老师，我使用VMD产生的xyz文件，名字命名和您例子一样。我也查看了xyz的内容，第一行是总原子数，第二行 ...

得上传具体文件我才能测试。跟带不带界面没关系

sobereva 发表于 2025-7-15 04:21
输入文件格式有问题

老师，我使用VMD产生的xyz文件，名字命名和您例子一样。我也查看了xyz的内容，第一行是总原子数，第二行空着第三行是坐标。感觉没有什么问题呢？而且也修改了ini的路径。运行的话是cmd运行.exe。我的反应是非均相的，反应发生在界面上。我把界面也保留了，是这个原因吗？

嘤嘤嘤 发表于 2025-7-14 21:34
老师，我想算一个断键的TS，界面反应。但是弄好R P TS结构运行sobneb.exe程序提示Generating interpolated  ...

输入文件格式有问题

老师，我想算一个断键的TS，界面反应。但是弄好R P TS结构运行sobneb.exe程序提示Generating interpolated structures between given systems  1 and  2 forrtl: severe (59): list-directed C/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read.请问这是什么原因啊？

我一般用MS的反应工具生成轨迹，然后把每一帧都导出来生成pdb格式文件后转换成xyz格式。

921927965 发表于 2023-2-28 14:52
想请教一下sob老师，采用线性插值有时会出现某两个原子距离过近的情况，例如在反应前后某两个原子的位置发 ...

多人为指定几个中间点就行了，尽量摆成实际可能经过的结构

想请教一下sob老师，采用线性插值有时会出现某两个原子距离过近的情况，例如在反应前后某两个原子的位置发生了交换，这时采用线性插值，可能就会发生两个原子重叠的问题，sobNEB中有没有办法针对这种情况对结构做出适当优化呢？

好物，社长威武！

当前目录下出现的BAND.txt内容如下，可以直接粘贴到&BAND字段里。这个&BAND字段是cp2k计算过渡态的输入文件里的某个位置么？