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关于gromacs输入分子模型操作问题

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发布时间: 2023-2-18 19:48

正文摘要:

老师,打扰您,刚刚接触gromacs,其中几个操作有写请教的问题,如图,原文描述“将 50 个优化好的分子 1 随机插入边长为 6 纳米的立方盒子,其余部分用水溶剂填满,得到浓度为 9 mol%的分子的水溶液” 1. 请问老师 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-2-20 02:24:45
a-Student 发表于 2023-2-19 11:37
谢谢您,再请教您一下,他这个随即插入多少多少个分子,是作者随便添加的么?还是由公式计算这个盒子里应 ...

摩尔分数只决定了两类分子的比例,具体插多少看盒子大小,尽量填满。
a-Student 发表于 Post on 2023-2-19 11:37:39
sobereva 发表于 2023-2-19 01:19
1 用gmx insert-molecules命令

2 摩尔分数,基本化学常识。忘了的话看https://en.wikipedia.org/wiki/Mo ...

谢谢您,再请教您一下,他这个随即插入多少多少个分子,是作者随便添加的么?还是由公式计算这个盒子里应该添加多少分子?麻烦您
sobereva 发表于 Post on 2023-2-19 01:19:22
1 用gmx insert-molecules命令

2 摩尔分数,基本化学常识。忘了的话看https://en.wikipedia.org/wiki/Mole_fraction

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