xptracy 发表于 2023-2-13 14:54
我想先把模拟跑对，mdp应该是之前蛋白小分子模拟的
请问下sob老师mdp我有哪些地方要关注，要怎么改，还 ...

我也看到了这篇，最近也在做类似的研究。请问你最终跑出来了吗？我想问下你这样构建盒子的话，最初体系的快照是文献中的样子吗？

sobereva 发表于 2023-2-12 23:15
翻译得不当，比如
partial charge一般叫分数电荷，或者意译成原子电荷
RESP是限制性拟合静电势电荷

我想先把模拟跑对，mdp应该是之前蛋白小分子模拟的
请问下sob老师mdp我有哪些地方要关注，要怎么改，还有其他错误的地方吗，想先把模拟跑对了在考虑后续画图

翻译得不当，比如
partial charge一般叫分数电荷，或者意译成原子电荷
RESP是限制性拟合静电势电荷

应当说具体itp里的原子电荷怎么来的

mdp写得太闹了，还有很多莫名其妙和不当的地方，诸如rvdw-switch设为0莫名其妙，tau-p也忒大了，达到平衡前也不该用Nose-Hoover，NVT.mdp居然把控温给注释掉了

你也没交代你所谓的画图是画什么图、怎么画的，根本没法回答。如果是按下文用Multiwfn+VMD绘制aNCI图，必须对其中一个分子进行冻结（至少加限制势）保持其坐标固定，文中明确说了
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186