forcite计算双层作用能

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发布时间: 2016-6-9 13:43

我计算了聚乳酸与凹凸棒土的双层作用能，用脚本分析后，发现随着帧数变化，相互作用能变化很大，是不是因为系统没有退火好就进行NVT计算所导致的？

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yeahhanpei 发表于 Post on 2017-8-2 10:45:07

请问，对于俩组份构成的体系，您知道怎么计算轨迹文件中其中一种成分的能量吗

sobereva 发表于 Post on 2016-6-10 22:05:54

zyj19831206 发表于 2016-6-9 16:28
我是先建立好模型，优化晶胞，勾选optimized cell ，然后把得到的结构退火，然后再把得到的结构做nvt动力 ...

过程没问题，动力学再继续跑跑，等到相互作用能随帧数变化的曲线做平均化后已经基本平直时再取能量

zyj19831206 发表于 Post on 2016-6-9 16:28:46

dark_cosmos 发表于 2016-6-9 15:08
configuration Minimum 与Anneal 收敛是两回事，没有收敛得到的interaction Energy波动很正常

我是先建立好模型，优化晶胞，勾选optimized cell ，然后把得到的结构退火，然后再把得到的结构做nvt动力学，用来考察两层之间的相互作用，这个过程应该没啥问题吧。

dark_cosmos 发表于 Post on 2016-6-9 15:08:45

zyj19831206 发表于 2016-6-9 14:45
是在最优化的时候达到收敛标准，还是在退火的时候达到收敛标准？

configuration Minimum 与Anneal 收敛是两回事，没有收敛得到的interaction Energy波动很正常

zyj19831206 发表于 Post on 2016-6-9 14:45:09

dark_cosmos 发表于 2016-6-9 14:38
你的xtd是怎么跑的，没有说清楚。先看看收敛了没有，不然提取得到的结果有波动很正常。建议MD先跑一段时间 ...

是在最优化的时候达到收敛标准，还是在退火的时候达到收敛标准？

dark_cosmos 发表于 Post on 2016-6-9 14:38:47

你的xtd是怎么跑的，没有说清楚。先看看收敛了没有，不然提取得到的结果有波动很正常。建议MD先跑一段时间差不多稳定了，在接着跑一段拿来分析

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