sobereva 发表于 2025-2-12 05:27
属于五元环的氮碳键、碳碳键也算ar，毕竟在pi共轭范围内。算不算ar没有严格的确切的界定标准

那还是看实际的体系和力场对形式键级的需要来定义成键类型好了。

这篇博文2.2节说到mol2的原子类型定义有“Du代表虚原子（dummy）”，但是GaussView能读取却不能保存含有虚原子的mol2文件，而且sobtop也没法识别。如果能支持虚原子的话，或许有助于定义一些特殊的“成键项”。比如类似http://sobereva.com/635的二茂铁拓扑文件，但俩茂环中心各有一虚原子Du，约束与各自环上的碳原子的Du-C“键长”，这样可以产生Du-Fe“键长”项、Du1-Fe-Du2“键角”项和C1-Du1-Du2-C2跨过铁的“二面角”项描述俩环的整体相对运动。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-11 11:54
社长你好，我还有点疑惑，BOND字段里ar成键类型的适用范围有多广呢？比如，吲哚的六元环上的键全是ar，但独 ...

属于五元环的氮碳键、碳碳键也算ar，毕竟在pi共轭范围内。算不算ar没有严格的确切的界定标准

社长你好，我还有点疑惑，BOND字段里ar成键类型的适用范围有多广呢？比如，吲哚的六元环上的键全是ar，但独属于五元环的氮碳键、碳碳键应该定为ar么？[18]轮烯的碳碳键，孤立环丁二烯、[Fe(CO)3(C4H4)]配合物里环丁二烯的碳碳键，胍正离子的氮碳键呢？

虽然用OpenBabel产生mol2文件的确可以给上述问题一个明确答案（比如吲哚的五元环也全是ar），量子化学计算也不会关心这些形式键级，但是我感觉创建拓扑文件时需要关心，毕竟mol2文件的成键类型被程序读取后可能用来判断原子类型和成键参数。据说sobtop及其附带的atomtype同样不看形式键级只取连接关系，不知道其他的程序和力场如何。

sobereva 发表于 2024-7-23 03:41
我不清楚你说的那是什么功能，我不评论。

如果要得到原子的色散系数，用下文的方法，根本不牵扯到原子 ...

感谢sob老师。学习到了，原来multiwfn还可以计算色散系数啊，看来还是有必要再深入了解multiwfn的功能。

秋心 发表于 2024-7-22 09:35
sob老师您好，我在使用OpenBabel产生二甲胺的mol2文件时发现产生的mol2文件只有一种氢原子类型，很明显N上 ...

我不清楚你说的那是什么功能，我不评论。

如果要得到原子的色散系数，用下文的方法，根本不牵扯到原子类型
使用Multiwfn计算原子的C6色散系数
http://sobereva.com/709（http://bbs.keinsci.com/thread-45686-1-1.html）

用Multiwfn的主功能15基于模糊空间，或者基于主功能17基于AIM原子空间，去计算原子多极矩也完全不牵扯到原子类型。看Multiwfn手册4.15节和4.17节的相关例子。

sob老师您好，我在使用OpenBabel产生二甲胺的mol2文件时发现产生的mol2文件只有一种氢原子类型，很明显N上的氢原子与C上的氢原子化学环境不同，但是OpenBabel却归为了一类，看OpenBabel的mol2文件格式里面确实没法区分N和C上氢原子。我想问一下如果我就用mol2产生的原子类型使用NWchem去做ISA计算得到该分子原子多极矩，弥散系数等，最后的结果可信吗？

sobereva 发表于 2023-2-20 02:25
我不用lammps

好的，谢谢

haijiayuan 发表于 2023-2-19 13:37
sob老师，我想把lammps的data文件转换成mol2格式（带成键信息），请问有什么推荐的方法吗？

我不用lammps

sob老师，我想把lammps的data文件转换成mol2格式（带成键信息），请问有什么推荐的方法吗？

sobereva 发表于 2023-1-12 06:52
我不知道你说的实现是什么意思
如果是OpenBabel计算的话，它算不了Mulliken电荷。计算MMFF94电荷可以在O ...

好的，谢谢老师。

hanlan8702 发表于 2023-1-11 12:36
请问文中提到得“还可以为MULLIKEN_CHARGES（Mulliken电荷）、MMFF94_CHARGES（MMFF94力场定义的电荷）等等 ...

我不知道你说的实现是什么意思
如果是OpenBabel计算的话，它算不了Mulliken电荷。计算MMFF94电荷可以在Openbabel转换时加上--partialcharge MMFF94

请问文中提到得“还可以为MULLIKEN_CHARGES（Mulliken电荷）、MMFF94_CHARGES（MMFF94力场定义的电荷）等等，不同种类电荷都有固定名字。”这部分用openbabel应该如何实现呢？谢谢。

lyj714 发表于 2023-1-2 11:33
其实vmd（包括1.9.3 win32等各个版本)是可以利用pdb格式中的CONECT的，这部分原子连接作为成键搜索以后的补 ...

利用pdb里的CONECT信息，用此文的做法比较方便
使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系
http://sobereva.com/121

其实vmd（包括1.9.3 win32等各个版本)是可以利用pdb格式中的CONECT的，这部分原子连接作为成键搜索以后的补充。不过这个部分必须每一行只能定义一个键，然后每一个键都需要单独写一行CONECT，并且每一行的原子序号必须是递增的（比如1和2原子有键，就写成1    2而不是2   1)，这样vmd就可以把CONECT部分作为键补充部分加到结构中显示。比如给一个水加上H-H的键显示：

1. ATOM      1 OW   SOL A   4      17.180  36.520   6.210  1.00  0.00           O
   
2. ATOM      2 HW1  SOL A   4      16.220  36.560   6.250  1.00  0.00           H
   
3. ATOM      3 HW2  SOL A   4      17.430  37.160   5.560  1.00  0.00           H
   
4. CONECT    2    3
   

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