CruiseBend 发表于 2022-11-22 14:17
谢谢老师指点，想问下极端情况是什么呢？完全收敛吗？
收敛主要是3个标准是吗？1. 1D FES不随时间变化 2 ...

极端理想情况是所选择的CVs可以描述与研究过程相关的所有缓慢自由度

fhh2626 发表于 2022-11-22 09:32
只有极端理想情况才能用sum_hills计算自由能面

另外有什么理由一定要用MtD吗？现在已经有meta-eABF、O ...

谢谢老师指点，想问下极端情况是什么呢？完全收敛吗？
收敛主要是3个标准是吗？1. 1D FES不随时间变化 2. CV完全在space diffuse 3. error不随block增加而变化
如果不是极端理想应该怎么计算呢？
十分感谢

CruiseBend 发表于 2022-11-21 17:01
谢谢老师回答，我看了一些metaD的原文，有了些自己的理解，不知道是否正确，麻烦老师看看：
1）可靠的2D ...

只有极端理想情况才能用sum_hills计算自由能面

另外有什么理由一定要用MtD吗？现在已经有meta-eABF、OPES等上位方法了
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =%D7%D4%D3%C9%C4%DC

1、可以用基于CV的方法约束住那部分结构，考虑用RMSD或者alpha-content做CV
2、需要，而且每个bin至少要采样几千次才有可能收敛。另外MtD的自由能不仅是高斯峰的加和，还需要对多个时刻无关的结果进行平均（也有很多人不做这个，但起码是不严谨的）
3、建议读一下metadynamics的原文，理解各个参数的含义
4、reweighting是把一个反应坐标空间内的结果转换到另一个反应坐标空间内的技术

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Plumed MetaD” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。