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已解决：处理蛋白提示S原子在rtp文件中未找到

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wyfgg

发布时间: 2022-10-24 15:51

正文摘要:

本帖最后由 wyfgg 于 2022-10-25 10:19 编辑对蛋白进行处理 gmx pdb2gmx -f gsdmds.pdb -o gsdmds.gro -ignh复制代码报错 Atom S in residue MET 105 was not found in rtp entry MET with 17 atoms while sorti ...

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李赛亚 发表于 Post on 2025-5-16 09:47:41

wyfgg 发表于 2022-10-25 10:20
Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

我遇到的问题相似，也是用charmm36-Jul的时候报错说Gly没有CB，查了aminoacids.rtp甘氨酸也就没有CB但还是报错（其实甘氨酸本来就没有CB呀），可能因为Gly在羧基末端？换了charmm27就没事，amber99-isdn也没事，就charmm36-jul报错（我把charmm-feb删了因为他俩在gmx pdb2gmx的时候显示的与文件对应关系是错的，引用feb结果top文件include jul我一生气就再也没用过feb了）

花颂渊 发表于 Post on 2024-7-10 12:21:07

wyfgg 发表于 2022-10-25 10:20
Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

你好，请问是使用Chimerax进行缺失原子的补全吗？是使用的Structure editing的rotamer 还是Structure prediction的model loops？

MOI_001 发表于 Post on 2023-12-20 19:39:40

wyfgg 发表于 2022-10-25 10:20
Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

你好，请问你是用什么软件补充的缺失原子

wyfgg 发表于 Post on 2022-10-25 10:20:19

wyfgg 发表于 2022-10-25 08:52
老师您好，根据您的指导，S原子的问题已经解决了，现在运行pdb2gmx提示我删去上述GLU残基则提示再删除上 ...

Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

sobereva 发表于 Post on 2022-10-25 01:46:01

要搞懂pdb2gmx的处理规则。比如amber99sb-ildn.ff目录下的aminoacids.rtp中，MET部分
[ MET ]
[ atoms ]
   N N          -0.41570    1
   H H          0.27190    2
CA CT       -0.02370    3
HA H1          0.08800    4
CB CT          0.03420    5
HB1 HC          0.02410    6
HB2 HC          0.02410    7
CG CT          0.00180    8
HG1 H1          0.04400    9
HG2 H1          0.04400 10
SD S          -0.27370 11
CE CT       -0.05360 12
HE1 H1          0.06840 13
HE2 H1          0.06840 14
HE3 H1          0.06840 15
   C C          0.59730 16
   O O          -0.56790 17
...略

这就说明你的pdb里的MET的硫也必须叫SD，否则没法对应

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