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蛋白模拟时遇到atom O used in an interaction of type angle is not found 怎么解决

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SheYilin

发布时间: 2022-10-16 21:32

正文摘要:

本帖最后由 SheYilin 于 2022-10-16 23:21 编辑 gromacs将pdb文件转换为top和gro文件的时候，选择的是Gromos54a7力场（力场aminoacids.rtp中HYP angles数据附后），出现Warning: Residue 29 named HY ...

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SheYilin 发表于 Post on 2022-10-17 11:14:21

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-17 10:54
抱歉，贴错链接了
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=25775&highlight=gromos

明白啦，非常感谢

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-10-17 10:54:02

SheYilin 发表于 2022-10-17 07:55
好的谢谢，我收到的warning是atom O used in an interaction of type angle is not found，就不知道怎么 ...

抱歉，贴错链接了
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;highlight=gromos

SheYilin 发表于 Post on 2022-10-17 07:55:56

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-16 23:55
这个是正常的
http://bbs.keinsci.com/thread-18210-1-1.html

好的谢谢，我收到的warning是atom O used in an interaction of type angle is not found，就不知道怎么解决了
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3D&noupdate=yes

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-10-16 23:55:26

SheYilin 发表于 2022-10-16 23:36
我运行的时候是可以成功得到top文件和gro文件，但是会有warning，请问老师运行的时候没有出现warning么， ...

这个是正常的
http://bbs.keinsci.com/thread-18210-1-1.html

SheYilin 发表于 Post on 2022-10-16 23:36:36

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-16 23:30
我下载你的文件运行没有问题，请检查你使用的力场和pdb文件对不对

我运行的时候是可以成功得到top文件和gro文件，但是会有warning，请问老师运行的时候没有出现warning么，谢谢啦

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-10-16 23:30:30

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-10-16 23:35 编辑

我下载你的文件运行没有问题，请检查你使用的力场和pdb文件对不对

pic.PNG (9.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

SheYilin 发表于 Post on 2022-10-16 23:19:54

sobereva 发表于 2022-10-16 23:06
把当aminoacids.rtp和pdb文件上传，别人才好判断

好的谢谢提醒

sobereva 发表于 Post on 2022-10-16 23:06:24

把当aminoacids.rtp和pdb文件上传，别人才好判断

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