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三斜晶系的rdf如何统计

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发布时间: 2022-10-14 16:22

正文摘要:

本帖最后由 Daisy_zju 于 2022-10-16 23:37 编辑 最近在做一个三斜晶系的MD模拟,得到的轨迹分别有xtc和pdb的格式,发现没有合适的脚本可以对三斜体系的RDF进行分析(VMD只能分析正交体系,GROMACS的rdf不知道是 ...

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Daisy_zju 发表于 Post on 2022-10-16 23:31:07
sobereva 发表于 2022-10-14 20:33
gmx rdf应当是可以的,注意gmx对盒子要求必须满足v1(y)=v1(z)=v2(z)=0,即盒子第一个矢量必须平行于X方向, ...

感谢sob老师回复!
想请教一下老师如果盒子不满足条件的情况下该如何处理?我的盒子v1(y) v1(z) v2(z)都是0.02或0.003这个量级,之前没有对盒子进行处理,做出来的RDF图一直升高(图片和文件重新编辑在题目中了),麻烦老师指点!
sobereva 发表于 Post on 2022-10-14 20:33:30
gmx rdf应当是可以的,注意gmx对盒子要求必须满足v1(y)=v1(z)=v2(z)=0,即盒子第一个矢量必须平行于X方向,第二个矢量必须在XY平面上。

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