sobereva 发表于 2025-4-4 16:39
按下文基于CP2K的molden文件绘制DOS，其中说了怎么定义片段
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构 ...

你好sob老师，我用CP2K计算了有机分子吸附在金基底表面（金原子数目远多于分子原子数），在PDOS中把金基底对应的s,p,d轨道部分投影出来，比如我想具体看dz2轨道的成分投影，请教您该怎么做呢？

lycheeho 发表于 2025-4-3 15:30
你好Sob老师，我想在CP2K计算出的PDOS中提取比如Au元素的s轨道和dz2轨道成分，请问该怎么做呢？还有想请教 ...

按下文基于CP2K的molden文件绘制DOS，其中说了怎么定义片段
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482（http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html）

如果你搞不清楚基函数和原子轨道的对应关系，参考下文
利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系
http://sobereva.com/418（http://bbs.keinsci.com/thread-10094-1-1.html）

计算级别可以

你好Sob老师，我想在CP2K计算出的PDOS中提取比如Au元素的s轨道和dz2轨道成分，请问该怎么做呢？还有想请教一下，我想结合PDOS分析有机分子吸附在金表面后分子轨道的排布，用PBE+D3(BJ)结合DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组在精度上是否够用？

sobereva 发表于 2024-7-10 15:05
没完整输入文件没法说

老师，输入文件是文件夹中bulk_TDDFT.inp, 问题是无法生成.molden文件。另一输入文件BaBS4_TDDFT.inp在cp2k中计算时提示其中的Eu元素所用的TZVP-GTH-q17不存在于GTH_Basis_Sets中(Eu来自于BaB2S4.cif结构中的Ba做了一个Eu原子替换)，请问应该换成哪个基组能对其进行TDDFT计算呢？
链接：https://pan.baidu.com/s/1UnhXfj5tRwmfMzxsNBTmlQ?pwd=fvtn
提取码：fvtn

Hlin 发表于 2024-7-9 21:04
老师们，请问为什么用中的示例文件产生cp2k输入文件bulk_TDDFT.inp后，修改了其中的&DFT后的字段，但cp2k运 ...

没完整输入文件没法说

老师们，请问为什么用中的示例文件产生cp2k输入文件bulk_TDDFT.inp后，修改了其中的&DFT后的字段，但cp2k运行完后没有得到molden文件呢？

sobereva 发表于 2024-2-1 02:55
帖子里说了

因此没法得到PDOS，计算空轨道的PDOS需要空轨道的波函数

好的，明白了。谢谢卢老师。

ball2006 发表于 2024-1-31 11:46
卢老师，我用了Multiwfn 3.8Dev (2024-1-31)版本是可以导入之前给您上传的molden文件(空轨道我增加了500 ...

帖子里说了

但注意此时用OT产生的molden文件里仍然只有占据轨道的波函数

因此没法得到PDOS，计算空轨道的PDOS需要空轨道的波函数

sobereva 发表于 2024-1-31 07:53
问题在于你的输出文件里求解空轨道时没完全收敛，导致输出了额外信息，妨碍了Multiwfn读取数据：
  Lowe ...

卢老师，我用了Multiwfn 3.8Dev (2024-1-31)版本是可以导入之前给您上传的molden文件(空轨道我增加了500个)，但在画DOS图设置片段输出PDOS，无法输出PDOS的曲线。报错如下：

1. Fragment is saved
   
2. 
   
3. 
   
4. Fragment    1, number of basis functions:  2592
   
5. Fragment    2, number of basis functions:   360
   
6. Fragment    3, number of basis functions:   360
   
7. Fragment    4, number of basis functions:   360
   
8. Fragment    5, number of basis functions:   144
   
9. Fragment    6, number of basis functions:   864
   
10. Fragment    7, has not been defined
    
11. Fragment    8, has not been defined
    
12. Fragment    9, has not been defined
    
13. Fragment   10, has not been defined

复制代码

1. Calculating alpha orbital composition, please wait...
   
2.     1249 orbitals will be calculated
   
3. Progress: [##################################################]   100.0 %     \
   
4. Calculating beta orbital composition, please wait...
   
5.     1250 orbitals will be calculated
   
6. Progress: [##################################################]   100.0 %     /
   
7. Calculation of orbital composition took up wall clock time         0 s
   
8. Note: There are orbitals with zero energy, they are automatically ignored
   
9. 
   
10. Center of TDOS:    3.039651 eV
    
11. Center of PDOS  1:         NaN eV
    
12. Center of PDOS  2:         NaN eV
    
13. Center of PDOS  3:         NaN eV
    
14. Center of PDOS  4:         NaN eV
    
15. Center of PDOS  5:         NaN eV
    
16. Center of PDOS  6:         NaN eV
    
17. 
    
18. Note: The vertical dash line corresponds to HOMO level at   5.80484 eV

复制代码

sobereva 发表于 2024-1-31 07:53
问题在于你的输出文件里求解空轨道时没完全收敛，导致输出了额外信息，妨碍了Multiwfn读取数据：
  Lowe ...

明白了，谢谢卢老师。

ball2006 发表于 2024-1-30 13:12
卢老师，这是上述计算结果的molden文件、out和inp文件，请您查收
链接：https://pan.baidu.com/s/1OctaL ...

问题在于你的输出文件里求解空轨道时没完全收敛，导致输出了额外信息，妨碍了Multiwfn读取数据：
  Lowest Eigenvalues of the unoccupied subspace spin            1
-----------------------------------------------------
WARNING : did not converge in ot_eigensolver
number of iterations          299  exceeded maximum
current gradient / target gradient   4.1370545202150203E-005  /    1.0000000000000001E-005
       0.23194591      0.23273139      0.23296004      0.23368749
       0.23458490      0.23511211      0.23573727      0.23612081
       0.23749200      0.23773209      0.23808017      0.23896347
       0.24765880      0.24936722      0.24952206      0.25002393
       0.25053162      0.25063490      0.25091657      0.25147411


我刚刚更新了官网上的Multiwfn，现在会自动跳过这部分，读取下面的轨道能量

sobereva 发表于 2024-1-30 12:01
molden文件和out、inp文件一起压缩后上传到网盘提供链接

卢老师，这是上述计算结果的molden文件、out和inp文件，请您查收
链接：https://pan.baidu.com/s/1OctaL3hsRX5eckic6U-h4Q
提取码：q6zj
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