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求助，使用VMD读取lammps轨迹文件时出现键连接过乱现象

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LGX

发布时间: 2022-5-4 23:17

正文摘要:

各位老师，请问一下，使用VMD在读取lammps轨迹时，将Drawing Methods调整为CPK模式，但是在轨迹中发现有键连接过乱的现象。我做的模拟是树脂的热裂解，模拟盒子xy是周期性，z为非周期性。请问各位老师有什么方法能 ...

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llc 发表于 Post on 2025-3-29 10:11:25

lammps中，可以添加以下命令：
dump 1 all custom 1000 dump.lammpstrj id element xs ys zs ix iy iz
dump_modify 1 element N C N C H H C H C C C F S O N
ix iy iz 可记录盒子穿过周期性边界的次数，配合vmd中pbc命令，后一句是将lammps中的原子类型修正为真实元素类型，严格按自己的type顺序对应相应的元素。第二句话不加也可以，那样的话第一句话就变成：
dump 1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type xs ys zs ix iy iz
导入vmd之后，命令行输入：
pbc wrap -all -compound res
此时所有的分子越过边界时就都是完整的。

LGX 发表于 Post on 2022-7-28 21:36:28

sugar123 发表于 2022-7-26 20:50
您好，请问您的解决方法是什么呀

你可以看看上边sob老师的回复，网址里边讲的挺详细的

sugar123 发表于 Post on 2022-7-26 20:50:57

您好，请问您的解决方法是什么呀

LGX 发表于 Post on 2022-5-5 11:48:25

sobereva 发表于 2022-5-5 08:37
仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com ...

问题已解决，感谢sob老师

LGX 发表于 Post on 2022-5-5 11:46:53

丁越发表于 2022-5-4 23:26
drawing methods中更改成键方式为dynamicbonds

谢谢回复

sobereva 发表于 Post on 2022-5-5 08:37:08

仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

也可以用下文的做法，让VMD实时动态更新连接关系，但原子数很多的话播放起来会很卡顿
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http://sobereva.com/545（http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html）

丁越 发表于 Post on 2022-5-4 23:26:45

drawing methods中更改成键方式为dynamicbonds

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