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使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用

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发布时间: 2022-3-7 08:08

正文摘要:

使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用Performing IGMH analysis by Multiwfn to show interactions in chemical systems very clearly and intuitively 文/Sobereva@北京科音First rele ...

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红茶泡枸杞 发表于 Post on 2024-9-20 09:20:43
不好意思社长,已重新提问
sobereva 发表于 Post on 2024-9-20 04:32:23
红茶泡枸杞 发表于 2024-9-19 11:06
社长您好,我用701博文“使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用”做分 ...

别借其它帖子提问,严重扰乱论坛秩序。去http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html回帖问
红茶泡枸杞 发表于 Post on 2024-9-19 11:06:23
社长您好,我用701博文“使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用”做分析,做的是COF吸附分子,COF本身就很大,Multiwfn自动扩胞5*5*5,如何设置不扩胞呢?
sobereva 发表于 Post on 2023-3-3 06:14:17
vigaryang 发表于 2023-3-2 10:55
请教SOB老师,在计算周期性体系的IGMH时,能够利用Gaussian代替CP2K进行计算么?课题组使用超算中心的服务 ...

用Gaussian算就得用簇模型,当周期性体系必须用CP2K。没有就装,又不要钱
牧生 发表于 Post on 2023-3-2 11:37:38
vigaryang 发表于 2023-3-2 10:55
请教SOB老师,在计算周期性体系的IGMH时,能够利用Gaussian代替CP2K进行计算么?课题组使用超算中心的服务 ...

如果我遇到这种情况时,就会把感兴趣的一小部分挖出来,当作孤立体系去做分析。
vigaryang 发表于 Post on 2023-3-2 10:55:17
请教SOB老师,在计算周期性体系的IGMH时,能够利用Gaussian代替CP2K进行计算么?课题组使用超算中心的服务器进行计算,没有安装CP2K,只有Gaussian。谢谢!
sobereva 发表于 Post on 2022-11-4 07:51:41
xxzj 发表于 2022-11-3 10:19
老师,您好,我gromacs进行MD模拟得到了下图中的团簇;想请问您,如果想要分析团簇中的分子间弱相互作用应 ...

可以
按下文说的做就完了
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html
xxzj 发表于 Post on 2022-11-3 10:19:51
老师,您好,我gromacs进行MD模拟得到了下图中的团簇;想请问您,如果想要分析团簇中的分子间弱相互作用应该如何操作呢,通过IGM可以实现吗?辛苦您

sobereva 发表于 Post on 2022-4-27 07:34:59
天天121 发表于 2022-4-27 07:27
老师好 我现在在做一个晶体 中间的分子用oniom的 High层 其余我用的Low层
1.我已经严格按照老师的博文截取 ...

应当说明ONIOM的high、low用的级别各是什么

假设你用的是ONIOM(QM:MM),对于a,本来low层部分也不可能被激发

也应明确说明IGMH要分析的是什么片段间的作用

用ONIOM(QM:MM)时只要让高层部分的波函数保存到fch里,对这部分的任何波函数分析都可以照常做。
天天121 发表于 Post on 2022-4-27 07:27:37
老师好 我现在在做一个晶体 中间的分子用oniom的 High层 其余我用的Low层
1.我已经严格按照老师的博文截取了部分团簇 成功计算出了S0态的IGMH 但是我还想算激发态的 于是我现在有两个方案,a.把周围分子都冻住 只把中心分子激发到S1态,再formchk -MS;b.直接整个截取的小团簇不再采用oniom,直接tddft优化激发态
2.老师我用了oniom模型中心分子的RDG散点图和静电势图还可以做吗

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