计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

lammps中如何避免界面在动态弛豫后NVE系综下“lost atoms”

查看数: 4877 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2022-1-4 23:54

正文摘要:

各位大佬,我建立了一个SiC和石墨的界面模型,想要利用NEMD方法来计算其热导率,发现在unfix动态弛豫后,只施加NVE系综采用ehex命令来计算热导,整个界面模型温度会一直上涨,之后就会报错丢失原子,我在动态弛豫前给模型上 ...

回复 Reply

文科生学MS 发表于 Post on 2025-6-30 15:53:01
您好,我在计算热导率的时候,NPT之后进行NVE也出现了温度逐渐升高,导致最后计算热导率的时候报错,这个问题您有解决吗?
chen0201 发表于 Post on 2025-6-27 18:42:07
请问解决了吗?我的温度是蹭一下直接两千,然后显示原子少了一个
Weldingspock 发表于 Post on 2023-8-7 14:42:07
lizhi333 发表于 2022-4-21 10:42
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

同问,你解决了吗
lizhi333 发表于 Post on 2022-4-21 10:42:47
你好,请问问题解决了么?最后如何解决的呢?
chema 发表于 Post on 2022-1-5 14:18:18
caiziqi 发表于 2022-1-5 10:37
我一开始就是设置成p p p,应该不是这个原因

那估计就是某些原子在升温过程中速度过大,根据该速度计算出的下一步位移过大,重新更新neighbourlist前,原子移动出模拟区域超过1倍的盒子长度(或处理器子区域长度),原子就被认为是丢失了。可以试试1,reduce timestep;2,change neighbour list bin to larger ones so that they could find the 'far' atoms;3,update neighbour list more frequently,like “neighbor_modify every 2” (参考 http://bbs.keinsci.com/thread-17903-1-1.html)。
caiziqi 发表于 Post on 2022-1-5 10:37:03
chema 发表于 2022-1-5 09:52
是不是周期性边界条件的问题,没设成周期性的就会发生原子丢失

我一开始就是设置成p p p,应该不是这个原因
chema 发表于 Post on 2022-1-5 09:52:53
是不是周期性边界条件的问题,没设成周期性的就会发生原子丢失

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 04:41 , Processed in 0.175047 second(s), 31 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list