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溶剂化后蛋白和配体分子不在盒子中心

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vandenberg

发布时间: 2021-11-7 13:23

正文摘要:

各位老师，我按照教程做的蛋白溶剂化，gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -c -bt dodecahedron -d 1.0gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro 发现蛋白配体复合物偏到了盒子 ...

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Ziyi 发表于 Post on 2025-3-7 10:41:15

老师溶剂化后配体分子不在盒子中心，有什么影响吗

sobereva 发表于 Post on 2021-12-3 06:28:24

vandenberg 发表于 2021-11-15 12:03
各位老师关于这个问题继续提问，模拟好之后轨迹文件中如果有设置不当引起的盒子之间的跳跃，会影响后续的 ...

看具体什么程序做的分析
如果分析工具考虑了PBC就没关系

vandenberg 发表于 Post on 2021-11-15 12:03:12

各位老师关于这个问题继续提问，模拟好之后轨迹文件中如果有设置不当引起的盒子之间的跳跃，会影响后续的分析吗？
比如说两个原子之间的距离之类的分析，还是说只是个显示问题，并不影响实际的结果，谢谢

vandenberg 发表于 Post on 2021-11-9 11:23:39

好的谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2021-11-8 22:25:16

如果想观看方便，就用矩形盒子，没必要为了省那么点计算量非要用12面体盒子

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