用MS跑MD做动画的问题

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发布时间: 2016-1-19 20:20

用MS做经典分子动力学的计算，下图的东西是MS中控制动画播放停止以及快进快退等的功能，那么问题来了，我的计算时间不长设置的是1.2fs，总共跑了1.2ns，我现在想得到240ps、480ps、720ps、960ps时的快照图，具体该怎 ...

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lei234 发表于 Post on 2018-9-25 03:01:41

sobereva 发表于 2018-9-21 20:43
MS跑的轨迹在MS的界面里就能看
其它程序跑的轨迹一般用VMD看。MS的轨迹也可以导出成VMD能认的格式用VMD ...

谢谢！
我是用vasp跑的，要怎么用VMD看呢？

sobereva 发表于 Post on 2018-9-21 20:43:06

lei234 发表于 2018-9-21 02:57
您好，我想看MD过程中的每一步结构变化，要怎么看呢？可以直接在MS里看吗？

MS跑的轨迹在MS的界面里就能看
其它程序跑的轨迹一般用VMD看。MS的轨迹也可以导出成VMD能认的格式用VMD看，如
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

lei234 发表于 Post on 2018-9-21 02:57:15

您好，我想看MD过程中的每一步结构变化，要怎么看呢？可以直接在MS里看吗？

茶味果冻 发表于 Post on 2016-2-19 17:26:05

sobereva 发表于 2016-2-19 14:53
NVT的话设压强没有意义，本身不会控压，只不过能监控压力的变化而已。压强有这样的值并不意外。

好的，非常感谢老师的解答

sobereva 发表于 Post on 2016-2-19 14:53:01

茶味果冻发表于 2016-2-19 11:22
老师您好！我做MD计算，采用的NVT系综，初始条件那里设置的压强是0Gpa，但是在计算结束后显示，压强不为0 ...

NVT的话设压强没有意义，本身不会控压，只不过能监控压力的变化而已。压强有这样的值并不意外。

茶味果冻 发表于 Post on 2016-1-27 21:23:33

sobereva 发表于 2016-1-27 21:10
这就只能自己写脚本或程序来进行统计分析了

好的，非常感谢老师的回答

sobereva 发表于 Post on 2016-1-27 21:10:55

茶味果冻发表于 2016-1-27 21:03
老师，像文献中下图的扩散系数是表面距离的函数，这样的图是怎么做出来的呢？我会用MSD来求出扩散系数， ...

这就只能自己写脚本或程序来进行统计分析了

茶味果冻 发表于 Post on 2016-1-21 20:51:47

sobereva 发表于 2016-1-20 02:27
保存多少帧和你自己设的保存帧时候的步数间隔有关
看你图上有201帧，相当于6ps保存一帧，所以看240ps的话 ...

好的，非常感谢老师的回答，

sobereva 发表于 Post on 2016-1-20 02:27:00

保存多少帧和你自己设的保存帧时候的步数间隔有关
看你图上有201帧，相当于6ps保存一帧，所以看240ps的话应该是第1+240/6=41帧

那个拉条没有什么物理意义，只是影响看的时候的效果。

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