Novice 发表于 2025-8-1 13:01 我之前也有打算弄，这样可以使得GROMACS模拟分子晶体容易许多，不过短期内还没时间，还有很多更重要的事 |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
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| + 5 | 谢谢！期待早日实现 |
sobereva 发表于 2025-8-1 12:59 是否有现有的方法能实现这一目的？或者社长您是否能把这一功能加到Multiwfn里呢？ |
Novice 发表于 2025-8-1 11:25 这个功能只能保证每个片段里序号连续，但不能保证每个分子里的序号顺序一致。实现你的目的需要额外的代码才行 |
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本帖最后由 Novice 于 2025-8-1 13:10 编辑 社长，我在使用300-7功能按照 2.7 令C18Br6分子晶体中的分子保持完整 构建有机分子的晶胞时，发现构建出的晶胞即使使用“(13)重排原子序号”的功能，里面的重复片段编号依然不是重复且对应的，因此不能直接用来构建gmx的gro文件（因为我只取了一个分子产生的itp）。而我构建的超胞含有几百个分子，一个个手动对应工作量很大也不现实，请问这种情况该如何处理呢？能不能让multiwfn导出的结构文件中的原子顺序，按照晶体里的最小不对称单元的顺序不断重复呢? ---------- 为了防止我说的不明白，对需求进行详细说明： 比如C18Br6分子晶体的cif文件中存储的最小重复单元应该恰为一个C18Br6分子，其原子编号应该为1~24且与结构对应，导出单胞或者超胞pdb时，假设盒子含有x个分子，导出的坐标能否是规律的x*(1~24)的文件（类似packmol输出的pdb文件）呢？ |
zhangfuqiang 发表于 2024-5-5 12:14 1 没有加氢的功能 2 没有直接判断形式键级的功能。可以用Multiwfn算Mayer键级，然后取最近的整数 3 力场级别的优化不是Multiwfn的事。用openbabel、avogadro之类可以做 不会提供API，直接通过命令行调用就完了，毫无难度 详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法 http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html） |
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请问大家，（1）原子能否加H？(2) 判断经典键级（用于作图）？(3) UFF/MMFF 优化？ 能否给个c++/python的api，我也好调用。谢谢社长神作。 |
luzujia 发表于 2024-2-29 22:53 那个功能目前只考虑分子和正交盒子的情况 |
| 社长，关于功能(28)交换坐标轴，貌似进行矢量转换的时候相应的夹角不会发生转换，这是合理的嘛 |
wanlichuan 发表于 2023-9-9 23:13 如果是比较分子晶体中单分子的结构差异，抠出来照常算RMSD就行。如果是要对晶胞层面进行对比，我没打算考虑。 |
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本帖最后由 wanlichuan 于 2023-9-9 23:17 编辑 社长，空间群和晶胞参数可能都是不同的，只是单胞中的主要分子构型相同（构象可能不同），单胞中有些小分子（离子）可能不同，比如溶剂分子可能不完全相同、金属离子或平衡离子可能不完全相同。最典型的就是同质多晶现象。现在能实现这个功能的软件极少，主要的就是国际晶体学会的Mercury，免费版还不开放这个功能。 |
wanlichuan 发表于 2023-9-9 12:07 我不知道你说的两个晶体具体是什么情况，晶胞参数是否相同 |
| 非常有用的系列工具。社长考虑没考虑做一个能比较两个晶体RMSD的工具？ |
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