sobereva 发表于 2025-6-5 00:31 嗯嗯,好的,期待能加上这个功能。 |
GoldenBaby 发表于 2025-6-4 20:57 没法只转这个 |
sob老师,请问如果我想扫描中间这个苯环,请问应该如何设置? |
屏幕截图 2025-06-04 205555.png (62.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 58)
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-20 10:09 就是常规方式计算,没有什么特殊性。对于gentor一般处理的体系规模,直接N(N-1)/2的耗时也没多高。只有经典力场的动力学程序之类的,才需要绞尽脑汁降低这种循环的耗时 |
参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
---|---|---|
| + 1 | 哦哦,multiwfn源代码plot.f90也是常规方式. |
社长,文中提到“默认情况下,原子间距离小于它们的共价半径和的1.15倍就被视为成键”这点,在gentor里的代码实现思路是什么样的呢? “以二重for循环遍历所有原子对”的简单想法要判断N(N-1)/2次,有没有更低标度的算法或者适当剪枝等技巧可用呢? |
sobereva 发表于 2024-9-21 23:26 好的谢谢老师 |
2877321934 发表于 2024-9-21 06:26 通常在二氯甲烷溶剂盒子里跑MD |
请问老师,如果我用gromacs进行动力学采样,但是我的体系是在二氯甲烷溶液中,此时跑动力学需要加溶剂形成溶剂包裹层来跑吗 |
cokie 发表于 2024-6-18 13:23 感谢老师!按照这个,问题解决好啦 |
lynn_nj 发表于 2024-6-18 11:28 不带“K”,想要多少K,直接输入数字(像图里一样) |
微信截图_20240618132219.png (142.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 51)
像这样
老师好,想问一下这个输入温度值300,是在isostat里直接输入“300K”吗?在另一篇文章里看到说是先输y,再输温度值,但是这两种方法按完回车后出现结果立马就闪退了,应该怎么让结果停在屏幕上呢。 |
202406181127586403..png (49.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)
qaqfdmmj 发表于 2024-4-8 20:57 本来这就是ORCA的关键词,看手册 |
感谢sob老师!我今天实操试验我的分子的时候偶然发现实例2中用RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP去算单点能的那一段inp文件中多了一行noautostart,如果没有注意到这个会运行报错“ERROR: expect a '$', '!', '%', '*' or '[' in the input” |
本帖最后由 qyyos 于 2024-2-29 10:58 编辑 sobereva 发表于 2024-2-19 14:39 All frames in the inputted trajectory file will be processed forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read Image PC Routine Line Source molclus.exe 00F3B5C9 Unknown Unknown Unknown molclus.exe 00F2C7F3 Unknown Unknown Unknown molclus.exe 00F2AD11 Unknown Unknown Unknown molclus.exe 00EF2C55 Unknown Unknown Unknown molclus.exe 00F8148F Unknown Unknown Unknown molclus.exe 00F8188A Unknown Unknown Unknown KERNEL32.DLL 7686FCC9 Unknown Unknown Unknown ntdll.dll 77B87C5E Unknown Unknown Unknown ntdll.dll 77B87C2E Unknown Unknown Unknown |
54}F]X(PKK8R9`G}]3IHH7S.png (103.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 58)
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