杨星元 发表于 2025-1-13 20:51 这个刚体命令和能量最小化冲突 |
杨星元 发表于 2025-1-13 20:51 没有用过这样的系综,做超临界控压需要用npt |
liuxdhs 发表于 2022-4-29 09:32 您好,请问您在做CO2模拟的时候有出现过Fix rigid : Bad principle moments错误吗,请问是怎么解决的,我的系综设置成rigid/nvt/small就会有这个问题 |
liuxdhs 发表于 2024-9-3 16:14 谢谢回复 |
xishaofan 发表于 2024-9-3 10:53 4.5e-5 |
liuxdhs 发表于 2022-4-29 09:32 你好,请问一下,对于超临界二氧化碳体系模拟时,你的NPT系综中等温可压缩系数设置的多少 |
筛石灰 发表于 2023-10-20 22:04 用了论坛里给的TraPPE力场包解决了 |
高处裹棉被 发表于 2022-11-8 16:04 请问您现在解决了吗 |
本帖最后由 高处裹棉被 于 2022-11-9 14:12 编辑 liuxdhs 发表于 2022-11-8 09:23 谢谢楼主回答,我做混合体系模拟时发现与实验组的趋势对不上,于是最近在测试纯超临界CO2体系,对临界点以上的密度进行模拟,例如EPM2模型,并按照文献的条件值进行复现, 但发现一直很难对的上,我尝试增大可压缩系数一个数量级,结果变化很小,再增大的话,体系会直接崩溃,所以想问下楼主之前测试过纯SCCO2盒子吗,能借鉴下mdp文件里的参数设置? 以下是我自己在用的设置文件 |
高处裹棉被 发表于 2022-11-7 10:23 你说说是什么问题呢 |
liuxdhs 发表于 2022-4-29 09:32 作者大大您好,我最近在用NPT系综进行含超临界CO2的混合体系模拟时遇到点问题,我想请问下你是如何设置等温可压缩系数的,我之前一直用默认的水的可压缩系数,但我发现这样做法有点问题 谢谢楼主解答 |
liuxdhs 发表于 2022-4-29 09:32 感谢楼主解答,NVT确实不好控压,我先用NPT系综进行尝试 ![]() |
高处裹棉被 发表于 2022-4-28 18:49 我也发过邮件去问参考文献的作者,并且之前看过sob老师关于模拟体系是否达到平衡的文章,按道理来说最后平均压力达到我们所设定的值,一般都是符合要求的了。当然,最后我收集数据的控压设定使用了PR控压。 之前我也有这样的疑问,也请教了sob老师,做scCO2的相关模拟要使用NPT方式,NVT没有设定压力设置就不能控制压力了。 |
本帖最后由 高处裹棉被 于 2022-4-28 23:19 编辑 楼主好,我最近也在进行相关方向的聚合物体系加SCCO2的模拟研究,也有查到参考文献最后用NPT系综,想请问对于这个超临界态下压力波动较大的问题最终是如何解决的? 另外请问这种混合体系的情况下,NVT下平衡完CO2后再加聚合物体系压力还是会大幅改变是不是只能再用NPT控压? 或者为了再次达到想要的压力,在体系温度达到平衡的前提下,从中抽出压力最接近设定值的一帧在这基础上用NVT? 谢谢了 |
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