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求助-MS 中建立离子模型及结构优化

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shenyun

发布时间: 2021-5-16 20:30

正文摘要:

老师们好，想和老师请教下关于在Materials Studio 中建立溶液态离子模型的问题。1、我是这样建立的模型，比如对于LiCl水溶液，就分别建立Li+,Cl-,和水分子，然后用AC模块建立，对于里面的离子是直接选择离子在charge ...

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hdmd 发表于 Post on 2022-2-21 15:26:54

每次看到问MS问题的，都想真诚的建议放弃MS，研究生阶段我导师曾经要求我们学习MS，大概用了2年，现在一直在感叹虚度光阴

回归问题本身，①分子动力学（不局限MS）只能改变原子电荷，分子电荷是由原子电荷集成的；②分子动力学中只有共价键才需要化学键连接；③水中H+不会单独存在，所有的模拟都是H3O+；④compass力场不建议改电荷

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wujinman 发表于 Post on 2022-2-21 09:50:02

结构优化选择力场那里电荷分配，不要选电场分配

xyzfgxs26 发表于 Post on 2022-1-6 08:54:30

您好，请问您的问题现在解决了吗？我也遇到了同样的问题，将H原子手动设置为+1价之后，在加载到我的体系中用forcite动力学计算之后变成了0价，而其他的粒子却可以保持离子形态。如果您解决了，可否分享一下解决办法？谢谢！

AaronO_o 发表于 Post on 2021-8-19 21:49:44

手头暂时没有MS去验证，个人猜测氢离子问题来自于溶液中不可能有裸露的氢离子（质子），因此电荷/力场类型分配不正确。
水溶液中质子应为水合氢离子？离子液体中为对应的阳离子？如此构建模型试试？

Kangtor 发表于 Post on 2021-8-19 10:50:13

根本不需要你去指定电荷，离子之间也不用共价键来连接

Grease 发表于 Post on 2021-8-19 08:47:16

离子键需要用共价键进行连接上吗？

黑色桃花 发表于 Post on 2021-7-22 21:57:14

如果没有水呢，咋建呢

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