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构建及优化[小大]分子力场参数脚本ztop.py

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ggdh

发布时间: 2021-7-13 17:44

正文摘要:

本帖最后由 ggdh 于 2023-9-13 12:07 编辑 I.脚本特色 1. 调用Multiwfn，amber等产生top文件(目前支持产生gaff2力场，输出格式支持amber，gromacs, charmm，dl_poly格式）（具体用法在本贴） 2. 根据量化结果， ...

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2421886719 发表于 Post on 2025-6-6 16:31:15

老师好，我在运行conda update --all时报错：
Solving environment: failed
CondaValueError: Malformed version string '~': invalid character(s).
我在etc/profile文件和bashrc文件里都添加了环境变量export PATH=$PATH:/home/yanli/anaconda3/bin,里面的路径是anaconda的安装路径，请问这个报错是因为环境变量写的不对吗

天青色 发表于 Post on 2024-9-4 15:57:32

大佬

mtlin 发表于 Post on 2024-9-4 09:30:53

能够在上一步存到lib库里面，但却无法在下一步看库里有什么片段，请老师赐教

截图 2024-09-04 09-30-33.png (129.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 100)

截图 2024-09-04 09-27-14.png (54.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 103)

qczgzly 发表于 Post on 2023-11-1 17:19:29

本来觉得小分子（特别是金属配合物）力场很难准确构建，打算转而研究复杂而昂贵的QM/MM方法。但读楼主这个帖子，感觉纯MM又有希望了

zdworld 发表于 Post on 2023-11-1 15:12:41

有时候设定ff=gaff2还是会生成gaff力场的拓扑，导致不兼容，这是什么情况？

wenbinsu 发表于 Post on 2023-5-25 17:26:30

ggdh 发表于 2023-5-8 16:56
-o jz4.pdb,jz4.top 改成这个试试

谢谢大佬，前段时间实验比较忙，现在才看到回复，试了一下是的可以，谢谢大佬！

limalvis 发表于 Post on 2023-5-18 10:01:19

谢谢老师，收藏了

萌新杨同学 发表于 Post on 2023-5-9 20:18:54

谢谢老师，学习一下

ggdh 发表于 Post on 2023-5-8 16:56:10

wenbinsu 发表于 2023-4-11 15:36
求助大佬，我在生成小分子力场的时候遇到如下的问题
Warning: importing 'simtk.openmm' is deprecated. ...

-o jz4.pdb,jz4.top 改成这个试试

wenbinsu 发表于 Post on 2023-4-11 15:36:01

求助大佬，我在生成小分子力场的时候遇到如下的问题
Warning: importing 'simtk.openmm' is deprecated.  Import 'openmm' instead.
Use amber to generate am1-bcc charge and use amber to generate gaff forcefield parameter
run following command in jz4_AMBER:
antechamber -i jz4.mol2 -fi mol2 -c bcc -at gaff -fo mol2 -o jz4_amber.mol2 -rn JZ4 -j 5 -pl 10 -dr no
parmchk2 -i jz4_amber.mol2 -f mol2 -o jz4_amber.frcmod -s gaff2 -a Y -atc PARMCHK.DAT
tleap -f jz4_leapin.in
jz4.prmtop copied to current directory
jz4.inpcrd copied to current directory
jz4_am1-bcc.mol2 copied to current directory
Traceback (most recent call last):
  File "/home/qwe/ztop/coordmagic/ztop.py", line 370, in <module>
pr.ps.save(f,overwrite=True,**options)
  File "/home/qwe/Amber22/amber22/lib/python3.10/site-packages/parmed/structure.py", line 1490, in save
s.write(fname, **kwargs)
TypeError: GromacsTopologyFile.write() got an unexpected keyword argument 'nobox'
我使用的代码是：python ztop.py -g "jz4.mol2;q=am1-bcc;ff=gaff" -o jz4.gro,jz4.top，求助大佬解答

GF1995 发表于 Post on 2022-7-19 17:29:21

本帖最后由 GF1995 于 2022-7-20 09:32 编辑

ggdh 发表于 2022-7-12 22:52
是的

老师，您好！

请问运行 ztop.py -g "DON.log;ff=gaff" -r -e -o DON.top,DON.gro 时，提示antechamber 用的是-at gaff，而parmchk2 用的是 -s gaff2，这么设置最后还可以当做用的是gaff吗？
最后生成的top文件里，并没有看到improper项，请问这是已经将improper的贡献写到proper里面去了吗？

GF1995 发表于 Post on 2022-7-13 15:46:00

ggdh 发表于 2022-7-12 22:52
是的

好的，谢谢老师

ggdh 发表于 Post on 2022-7-12 22:52:13

GF1995 发表于 2022-7-6 20:34
老师，我运行完 ztop.py --checkenv，显示下图所示的内容，这表示可以正常运行了吗？谢谢老师

是的

GF1995 发表于 Post on 2022-7-6 20:34:54

老师，我运行完 ztop.py --checkenv，显示下图所示的内容，这表示可以正常运行了吗？谢谢老师

ztop.png (19.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 151)

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