鉴于有今天有人问相关问题，在此文里加入了如下内容

注：顺带在这里说一下什么情况pdb是记录元素信息的。在[ atomtypes ]里，如果原子类型名后面记录了元素在周期表里的序号，那么tpr里使用这种原子类型的原子就是有元素信息的，因而转成pdb后也有元素信息。GROMACS自带的蛋白质力场的ffnonbonded.itp中的[ atomtypes ]里都定义了元素序号，因此转出来的pdb里蛋白质部分总是有元素的。而对于小分子部分，就看你用的拓扑文件产生工具在拓扑文件里给的[ atomtypes ]里是否包含元素序号了，和程序有关，没给的话也可以自己手动添加。

sobereva 发表于 2021-10-20 03:17
该用什么脚本，Multiwfn手册3.23.9节里明确说了

谢谢卢老师，我脚本用错了，现在做出来了。下一篇稿件就用aIGM啦！

卢老师，按照你的教程，试了一下两个蛋白间3个氨基酸残基的相互aIGM作用，以前我用IGM作是没问题的。 把MultiWFN生成的两个文件，拷贝到VMD文件夹，启动source IGM_inter.vmd，发现VMD里面显示只有两个Frames，原子数52个，也没有等值面显示出来。实际上， 我在作XYZ文件的时候是201个Frames,原子数54个。不知道是什么原因？

lyj714 发表于 2021-3-4 08:31
PS: gmx editconf这类工具转出的pdb一般都是不包括配体的元素名的，如果配体原子名也很特殊，可能混淆，劲 ...

文章中相应部分已经做了修改以强调这一点

PS: gmx editconf这类工具转出的pdb一般都是不包括配体的元素名的，如果配体原子名也很特殊，可能混淆，劲量自己补全一下。

精品内容，社长威武！