mol 发表于 2018-1-9 13:41
lz这个问题最后解决了吗

换高版本GROMACS的跑

lz这个问题最后解决了吗

XYwinne 发表于 2015-11-16 13:52
sob老师，按照你说的建立无限周期的基底，也没法跑动力学，区域分解有问题。

你不当成无限周期性的话，又不把板的原子全部冻结，那么当前盒子里的板和它的周围镜像就可能因为互斥导致板歪斜。当成无限周期是最完美的做法。
先确认确实拓扑信息建立得正确，板两头的原子间有成键项，然后mdp里用periodic_molecules = yes，如果还有报错，mdrun时用-rdd 0.5看看。

ruanyang 发表于 2015-11-16 13:07
有问题，你只是freeze 这个基底，系统中的小分子还是可以运动的，你设置freezegrps的时候，只选择基底就可 ...

谢谢你的回答，设置freeze的时候选择的就是基底，而且还是基底中最下面的一部分，不是全部的基底，因为基底表面的原子也参与相互作用。给我造成困扰的是如果freeze，就没法跑npt；如果跑nvt，体系中间就出现真空区，就是图中的空白部分。

有问题，你只是freeze 这个基底，系统中的小分子还是可以运动的，你设置freezegrps的时候，只选择基底就可以了。

sobereva 发表于 2015-11-16 05:50
实际上并不需要冻结，因为基底本身是周期性无限延展的，比如图中基底最左边的原子应当会与最右边的原子直接 ...

谢谢sob老师！周围确实有空隙，基底超超晶胞形成的，不是整数，建盒子的时候就扩了一点。另外如果xyz全冻住的话就不能跑npt了吧，不知道我的理解有没有问题？

实际上并不需要冻结，因为基底本身是周期性无限延展的，比如图中基底最左边的原子应当会与最右边的原子直接有成键作用，如果恰当定义的话，不会造成图中的倾斜。估计你的体系中基底并没有当成无限延展的来考虑，而只是那么一块，在边界留有空隙（如果确实想这样，应当三个方向都冻结。你在Z方向没冻结，导致基底原子可以Z方向运动而扭曲）