sobereva 发表于 2025-6-27 06:46
让目标温度低于参考温度就行了

明白了，那要分成几个文件，分别升温降温来做。

wilely 发表于 2025-6-26 18:41
能够做升温，降温过程吗？怎么设置？

让目标温度低于参考温度就行了

能够做升温，降温过程吗？怎么设置？

qaqfdmmj 发表于 2024-7-10 21:08
老师您好，我是根据您的帖子进行了类似工作的计算（仅将B97-3c换成了r2SCAN-3c），但是orca在输出每一步的 ...

没事甭用r2SCAN-3c跑动力学，比B97-3c没明显额外好处还白多花时间

老师您好，我是根据您的帖子进行了类似工作的计算（仅将B97-3c换成了r2SCAN-3c），但是orca在输出每一步的时候都会有If you are NOT using ECPs, check your basis set inputs!和NOTIFICATION: Different basis set in ORCA and otool_gcp: ORCA: 619  gCP: 617的提示，请问这是为什么，是基组不适合我的体系吗？

sobereva 发表于 2023-8-28 20:02
容易发生的反应，随便放得不离谱就能发生。对于难发生的反应，各种相对位置和朝向、相对初速度都考虑。如 ...

谢谢sob老师，我手头是正好有过渡态的结构。

开心の土豆雷 发表于 2023-8-28 19:53
在调研AIMD的流程时，注意到初始结构的是一个非常关键的点。怎样根据自己的需要选择有意义的初始结构呢？ ...

容易发生的反应，随便放得不离谱就能发生。对于难发生的反应，各种相对位置和朝向、相对初速度都考虑。如果有静态计算得到的过渡态，可以参考着去摆

sobereva 发表于 2023-8-28 15:52
放不远不近就完了

在调研AIMD的流程时，注意到初始结构的是一个非常关键的点。怎样根据自己的需要选择有意义的初始结构呢？
比如说我就想看一下两个不同分子之间能否发生反应以及怎样反应。从不同的初始结构开始跑AIMD肯定有不同的结论，这时候我该怎么选择初始结构呢？

开心の土豆雷 发表于 2023-8-28 13:22
NH3分子的位置是怎么确定的？只要放在附近就会自动找到质子转移的轨迹嘛？

放不远不近就完了

NH3分子的位置是怎么确定的？只要放在附近就会自动找到质子转移的轨迹嘛？

halouhapily 发表于 2022-8-26 10:45
老师，orca可以用混合基组吗？应该如何表示呢？
在orca支持镧系离子用Stuttgart赝势吗

可
看手册
支持

老师，orca可以用混合基组吗？应该如何表示呢？
在orca支持镧系离子用Stuttgart赝势吗

胡说 发表于 2022-7-7 10:53
另外, 请教一个关于速度初始化的问题：为什么第0步log里算出来的温度，不是输入文initvel设定的温度，而是 ...

发现去掉CenterCOM这个关键词那么第0步的Temp就等于Initvel指定的温度。如果加CenterCOM这个关键词，那么第0步动能对应的温度就小于指定的温度。
照理说既然在initvel阶段已经remove了COM的速度，然后再scale到对应的温度，那么加了CenterCOM为什么还会对第0步的速度有影响呢。CenterCOM不应该是对跑起来后才会有作用吗？感觉难以理解。

sobereva 发表于 2022-7-8 05:19
VMD的movie maker导出每一帧的图像文件，然后ffmpeg合并成动画
图省事直接用oCam在VMD播放过程中录屏也 ...

谢谢老师！

yaoyuan0711 发表于 2022-7-7 11:12
请问sob老师，H+转移的动图是什么软件做出来的？

VMD的movie maker导出每一帧的图像文件，然后ffmpeg合并成动画
图省事直接用oCam在VMD播放过程中录屏也可以