求助分子动力学最后的md模拟结束之后没有报错，但蛋白散开了是什么原因？

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发布时间: 2020-11-28 23:20

正在做蛋白-配体复合物的动力学模拟，跑完md之后没有任何报错崩溃信息，但是跑完之后，打开gro文件查看结构，发现蛋白散开了，请问是什么原因？（如图）万分感激！

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chengb917 发表于 Post on 2022-2-21 14:21:14

wuzhiyi 发表于 2020-12-1 17:00
看起来应该是没有修正pbc
用trjconv 来高一下-pbc mol

你好，我也碰到类似问题，请问该如何操作呢？

wuzhiyi 发表于 Post on 2020-12-1 17:00:59

看起来应该是没有修正pbc
用trjconv 来高一下-pbc mol

sobereva 发表于 Post on 2020-11-29 12:12:35

最终结果异常显然首先想到用VMD看动力学轨迹判断到底中途发生了什么

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