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关于构建纤维素Gromacs拓扑文件的问题请教

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发布时间: 2020-11-18 21:11

正文摘要:

各位老师好, 我想跑一个多条链纤维素的分子动力学,采用Cellulose-builder软件构建的晶体结构,想问如何生成Gromacs下的拓扑文件?本人只会个acpype,对多链纤维素还不适用。文献中提到的CHARMM36和GLYCAM06力场还 ...

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lll123 发表于 Post on 2025-7-30 10:47:14
zhaowang 发表于 2022-7-3 18:44
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

您好,我现在使用build生成了纤维素的psf文件,请问怎么获得它的itp呀
zhaowang 发表于 Post on 2022-7-3 18:46:38
本帖最后由 zhaowang 于 2023-5-24 16:55 编辑
zhaowang 发表于 2022-7-3 18:44
您好,可以分享一下,cellulose-builder软件吗?问了很多人都没有,太难了。十分感谢呀


zhaowang 发表于 Post on 2022-7-3 18:44:12
本帖最后由 zhaowang 于 2023-5-24 16:59 编辑

cellulose-builder
842655799 发表于 Post on 2020-12-21 15:23:06
juddtrump 发表于 2020-12-7 09:23
您好!请问您已经解决了吗?我也是用cellulose builder生成了纤维素,但是不知道如何添加Glycam06力场,希 ...

Glycam06力场可能不太一样,可以联系我邮箱842655799@qq.com
juddtrump 发表于 Post on 2020-12-7 09:23:52
您好!请问您已经解决了吗?我也是用cellulose builder生成了纤维素,但是不知道如何添加Glycam06力场,希望您能指导一下,谢谢!
842655799 发表于 Post on 2020-11-19 10:16:41
高朋满座 发表于 2020-11-19 00:31
Gromacs可以添加CHARMM36力场,下载后添加进top目录就可以用了
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff ...

谢谢老师的回复
842655799 发表于 Post on 2020-11-19 10:15:57
sobereva 发表于 2020-11-19 05:14
这种由单体聚合成的体系通常用pdb2gmx,根据实际情况把残基定义写进rtp里

谢谢老师解答,对于残基定义写进rtp里这一步没有了解过,不知道如何进行?
我的模型是五条链,每条链由五个纤维二糖组成的纤维素晶体结构
sobereva 发表于 Post on 2020-11-19 05:14:44
这种由单体聚合成的体系通常用pdb2gmx,根据实际情况把残基定义写进rtp里
高朋满座 发表于 Post on 2020-11-19 00:31:46
Gromacs可以添加CHARMM36力场,下载后添加进top目录就可以用了
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs

卢老师总结过产生GROMACS拓扑的很多方法,请你参考:
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

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