zhaowang 发表于 2022-7-3 18:44 您好,我现在使用build生成了纤维素的psf文件,请问怎么获得它的itp呀 |
本帖最后由 zhaowang 于 2023-5-24 16:55 编辑 zhaowang 发表于 2022-7-3 18:44 |
本帖最后由 zhaowang 于 2023-5-24 16:59 编辑 cellulose-builder |
juddtrump 发表于 2020-12-7 09:23 Glycam06力场可能不太一样,可以联系我邮箱842655799@qq.com |
您好!请问您已经解决了吗?我也是用cellulose builder生成了纤维素,但是不知道如何添加Glycam06力场,希望您能指导一下,谢谢! |
高朋满座 发表于 2020-11-19 00:31 谢谢老师的回复 |
sobereva 发表于 2020-11-19 05:14 谢谢老师解答,对于残基定义写进rtp里这一步没有了解过,不知道如何进行? 我的模型是五条链,每条链由五个纤维二糖组成的纤维素晶体结构 |
这种由单体聚合成的体系通常用pdb2gmx,根据实际情况把残基定义写进rtp里 |
Gromacs可以添加CHARMM36力场,下载后添加进top目录就可以用了 http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs 卢老师总结过产生GROMACS拓扑的很多方法,请你参考: 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具 http://sobereva.com/266(http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html) |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2025-8-15 10:44 , Processed in 0.253787 second(s), 31 queries , Gzip On.