ruanyang 发表于 2015-11-2 17:36
用solvate 命令，比如 solvate XXXX.psf XXXXX.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o XXXX+solv

但是我用water.tcl脚本生成psf文件后，根据你提示的命令，却有如下错误提示：
(VMD) 1 % solvate AAQAA-helix.psf AAQAA-helix.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o AAQAA_water

Info) generating solute plus one replica of water...
psfgen) reading structure from psf file AAQAA-helix.psf
psfgen) error reading atoms

MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR!  Use resetpsf to start over.



需加水的分子文件和tcl脚本文件已上传~

ruanyang 发表于 2015-11-2 22:18
具体的可以看看VMD 手册，手册上面很详细。min,max指的是x或y或z的最大最小值。solvate 命令可以重点看一下

OK,谢谢提醒，我竟然把手册给忘了。。。。。谢谢你提示的命令。

具体的可以看看VMD 手册，手册上面很详细。min,max指的是x或y或z的最大最小值。solvate 命令可以重点看一下

用solvate 命令，比如 solvate XXXX.psf XXXXX.pdb -minmax {{-30 -30 -70} {30 30 110}} -o XXXX+solv