Olive.Lv 发表于 2023-12-25 17:34
我用vmd给packmol建的模型附电荷，C原子我附的是6，因为用vmd打开其他优化好的文件，查C的电荷显示的是6， ...

正常原始石墨烯的C都是不带电的LJ粒子

我用vmd给packmol建的模型附电荷，C原子我附的是6，因为用vmd打开其他优化好的文件，查C的电荷显示的是6，但是我今天在一篇文献中看到说石墨烯的电荷设为0，请问这是为什么？

Lacrimosa 发表于 2023-12-15 16:34
你输入topo就可以看到手册呀，里面明明写的是topo retypedihedrals

是的，是我没看仔细，后来改过来了

Olive.Lv 发表于 2023-12-15 14:07
老师你好，我输入topo retypedihedral，然后出现报错Unknown topotools command 'retypedihedral'，如下 ...

你输入topo就可以看到手册呀，里面明明写的是topo retypedihedrals

Lacrimosa 发表于 2020-7-20 10:50
另外topotools直接猜出来的拓扑文件好像也挺准确的，直接运行以下命令就好了
topo clearbonds
topo clear ...

老师你好，我输入topo retypedihedral，然后出现报错Unknown topotools command 'retypedihedral'，如下图

怎么向cvff力场的聚合物的盒子里面添加spce或者tip4p模型水分子做溶剂化。


minimize最小化，跑md都是水分子报错。

报错有：
最小化过程中能量在30多步暴增到inf
md过程出现bonds atoms xxx xxx missing ...

tjuptz 发表于 2021-2-16 17:19
补充下，topotools的原始教程有较好的生成lammps data及拓扑处理实例。
另外，对于单个结构比较复杂，比如 ...

请问topotools的原始教程在哪里看呢？

，在使用nve系综下是没有报错的，但是使用nvt或npt时就会报错

尝试做了最简单的一个模型，但是这个模型和我之前在MS里面构建的是不一样的，之前是水分子全在slab模型的上面，不知道为何在生成data文件的以后就变成下面这种图形了

Hollytree 发表于 2021-11-30 22:48
可以详细的说一下聚合物+slab模型+真空构建部分吗？在做这方面的工作，但是一直报错，不知道是哪里出了问题 ...

具体报错的原因是？

可以详细的说一下聚合物+slab模型+真空构建部分吗？在做这方面的工作，但是一直报错，不知道是哪里出了问题。

xhzhangwsu 发表于 2021-9-26 13:55
A.U.>200的聚合物的话，可以试试PolyParGen：http://polypargen.com/。发表的文章： https://doi.org/10. ...

谢谢您的回复！但是PolyParGen有个问题就是输出文件中的原子顺序会完全打乱，我有多条链的时候就需要重新恢复顺序，但是我没有明白输出文件和输入文件中原子顺序的关系。

mgqqlwq 发表于 2021-8-13 12:04
楼主gromacs部分我看的不是很懂，可否跟您请教一下。
我也是想生成聚合物的opls力场的拓扑文件，比如我的 ...

A.U.>200的聚合物的话，可以试试PolyParGen：http://polypargen.com/。发表的文章： https://doi.org/10.2477/jccjie.2018-0034