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计算初学者进行服务器centos 7.6系统及orca、xtb、gaussian 16软件的安装乱谈

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发布时间: 2020-6-4 00:59

正文摘要:

本帖最后由 欢乐多 于 2023-12-9 02:01 编辑 自己动手丰衣足食——计算初学者进行服务器centos 7.6系统及orca、xtb、gaussian 16软件的安装乱谈经过一夜苦战通宵,终将计算电脑系统重装完好,在整个装机过程中, ...

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842655799 发表于 Post on 2022-11-30 19:51:50
跟我的一样,服务器总是会死机,一死机什么都动不了,只能强制关机
Y30181009 发表于 Post on 2021-1-28 09:27:17
按文中扩展root分区的时候存在一些细节错误,可参考https://blog.csdn.net/qq_42103279/article/details/108714237
欢乐多 发表于 Post on 2020-6-12 23:15:17
gog 发表于 2020-6-12 12:00
只加载了intel mkl,另外是gcc的openmpi3.1.4.,运行就这么中招。忘记改怎么处理了。

libgomp: Invalid  ...

在环境变量.bashrc里将Intel mkl相关的环境变量注释#掉;或者在其他文件(需自己查找)中启用的Mkl库的设置注释掉;要么卸载intel studio(ifort), 重新将intel studio安到一个docker,系统调用intel mkl时,只需启动docker,docker类似虚拟机,使用方法可自行搜索。
gog 发表于 Post on 2020-6-12 12:00:09
只加载了intel mkl,另外是gcc的openmpi3.1.4.,运行就这么中招。忘记改怎么处理了。

libgomp: Invalid value for environment variable OMP_STACKSIZE
[file orca_main/maininp1.cpp, line 15080]:
Line 2 of test.inp (NPRO)
欢乐多 发表于 Post on 2020-6-11 23:06:52
gog 发表于 2020-6-11 17:02
orca计算,需要调用mkl数学库么?我在本地安装好openmpi3.1.4,计算只是加载orca可执行文件,读入inp参数, ...

需要调用库的,估计超算上的mkl库和你的有冲突,或者有啥默认设置,可以加 | tee,时时查看输出,或者直接看orca的输出文件,有无报错;如果orca速度正常,无报错,其他不用管。我装那两个库之间冲突,导致orca直接运行报错,卸载了其中Intel的库,只用openmpi313库,orca运行正常。
gog 发表于 Post on 2020-6-11 17:02:08
orca计算,需要调用mkl数学库么?我在本地安装好openmpi3.1.4,计算只是加载orca可执行文件,读入inp参数,然后就自动卸载了。日志上不报错,但和超算上的记录,少了几何优化和优化后最终的结构。
欢乐多 发表于 Post on 2020-6-4 19:07:10
本帖最后由 欢乐多 于 2020-6-4 19:09 编辑
冰释之川 发表于 2020-6-4 17:00
gaussion (x)  --> gaussian (✔)

哈哈,作为我的第一帖,人生的第一次总有或这或那的不完美。
欢乐多 发表于 Post on 2020-6-4 19:06:44
highlight 发表于 2020-6-4 16:01
调整分区的过程太麻烦,走弯路了。
安装的时候就有格式化和分区的选项,只不过 sob 的视频里默认自动分区 ...

嗯,还有需要改进的地方,下次装的时候,改进一下。
不过,对于我来说,能装好就已经开挂啦。
冰释之川 发表于 Post on 2020-6-4 17:00:46
gaussion (x)  --> gaussian (✔)
xiamiaoren 发表于 Post on 2020-6-4 16:53:13
centos8 都出来了
highlight 发表于 Post on 2020-6-4 16:01:33
调整分区的过程太麻烦,走弯路了。
安装的时候就有格式化和分区的选项,只不过 sob 的视频里默认自动分区了,你有特殊需要的话可以自己改的。
而且,自动分区搞的 Centos-root 是挂载 / 的,不是 /root。
你给 / 加的 1.3T 实在太多, 正常情况下 200G 就绝对够用了。这样白白浪费存储空间,会导致用于存放数据的 /home 过小。
另外,建议直接用 UEFI 安装,也就多了几步而已(linux 的 UEFI 启动盘不就要用 Ultroiso),适用性广,这个只是建议哈。。。

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