fhh2626 发表于 2025-6-27 20:06 非常感谢 |
zhonghaoxuan 发表于 2025-6-23 10:48 这是你提供的自由能面的精度决定的，你可以做一个插值或者平滑 |
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老师您好，跟您请教一下，使用MULE的时候，我生成的反应路径上只有70个数据点，能量也只有70个，请问如何设置CONFIG文件可以使数据点更多呢 |
gehan 发表于 2024-4-18 10:48 你知道极值点就知道CVs了，就可以去轨迹里筛选结构 |
fhh2626 发表于 2024-4-18 10:15 再次感谢，那请问是怎么根据势能面上极值点的信息，定位到MD轨迹文件中的哪一帧结构呢，是根据极值点的对应的CV1和CV2，然后去fes.dat,或者该文章中的.pmf文件中找到对应的值，然后在该文件中找到对应的帧数吗。还是说是自己看MD轨迹动画去找到想要极值点结构呢。 |
gehan 发表于 2024-4-18 10:01 横坐标就是0-1自己插值 MD会输出轨迹文件啊，在轨迹文件里面找 |
fhh2626 发表于 2024-4-16 14:22 谢谢您的回答，但是我使用MULE生成了.energy文件里是只有一列能量的数值，没有横坐标哎，不知道怎么设置路径为坐标。还有一个问题，请问有没有什么办法，找到势能面中的极小值点以及过渡态的位置后，怎么才能找到对应的结构呢？ |
gehan 发表于 2024-4-16 10:12 origin可以添加图层，添加一个图层画散点图就行了 右下角的图是以路径为坐标，如果你用的MULE的话会直接输出这个文件 |
| 请问楼主，左上，左下和右上三个图是怎么绘制出的，二维等值面可以使用origin生成，图中的黑色路径的线是怎么在图中显示出来的，还有就右下的自由能变化曲线的横坐标是取什么为变量的呢？谢谢 |
mz121 发表于 2024-1-26 13:35 你的dat/pmf文件是等间隔的吗，你看看例子中的文件，弄成一样的格式应该就行 |
本帖最后由 mz121 于 2024-1-26 13:36 编辑 fhh2626 发表于 2024-1-26 09:36 这个自由能面是通过构建马尔科夫链得到的，现在我已经填满了空间，但mule查找的自由能路径上的自由能值大多数为0，我自由能面中没有0值，不知道mule为何会查找出0值？ |
微信截图_20240126133519.png (281.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 148)
fhh2626 发表于 2024-1-26 09:36 这个自由能是通过马尔可夫链得出的。我写了个脚本，填充了空间，但mule查找出来的自由能路径上的自由能值为0。我自由能文件中并未有0值，不知道为何mule会得到0值？ |
elpa 发表于 2023-2-16 19:58 PMF和dat是一个格式，就是 CV1 CV2 ... CVn deltaG |
| 参与人数Participants 1 | eV +3 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 3 | 谢谢 |
youyno 发表于 2023-2-16 16:46 可以写个简单的贪心算法程序找，另外即使不选极小值点，MULE找出来的路径肯定也会经过附近的极小值点，直接从输出文件中找就行 |
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