求助：如何用acpype.py生成H3O+的拓扑文件

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发布时间: 2020-5-24 17:56

请教各位老师，我用acpype.py生成水合氢离子的拓扑文件时一直报错，输入命令为./acpype.py -i H3O+.mol2，./acpype.py -i H3O+.mol2 -n 1也试过了，报错信息如下：感谢各位老师！

回复 Reply

JCenter 发表于 Post on 2025-4-29 11:21:45

sobereva 发表于 2025-4-29 10:34
没有专门的原子类型。就用sobtop判断的就完了

感谢卢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-4-29 10:34:34

JCenter 发表于 2025-4-29 01:20
老师，H3O+的力常数可以通过sobtop程序，通过DRIH或m2Seminario计算力常数。那原子类型咋考虑呢，直接使 ...

没有专门的原子类型。就用sobtop判断的就完了

JCenter 发表于 Post on 2025-4-29 01:20:18

本帖最后由 JCenter 于 2025-4-29 01:23 编辑

sobereva 发表于 2020-5-25 02:09
没法直接生成，本身也没有适用的原子类型、也没有合适的力场。由于体系很小，可以直接手动创建拓扑文件。力 ...

老师，H3O+的力常数可以通过sobtop程序，通过DRIH或m2Seminario计算力常数。那原子类型咋考虑呢，直接使用给出的吗（sobtop给出的是适用于羟基的oh和ho），或者有没有其他较好的适配gaff力场的水合氢的原子类型或者说范德华参数呢

高朋满座 发表于 Post on 2020-5-25 10:06:24

sobereva 发表于 2020-5-25 02:09
没法直接生成，本身也没有适用的原子类型、也没有合适的力场。由于体系很小，可以直接手动创建拓扑文件。力 ...

非常感谢卢老师的答复

sobereva 发表于 Post on 2020-5-25 02:09:24

没法直接生成，本身也没有适用的原子类型、也没有合适的力场。由于体系很小，可以直接手动创建拓扑文件。力场参数可以通过seminario等方法得到。

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