JillW 发表于 2025-5-28 15:30
我增加了力场数，甚至到了40000都不太行，还是会跑到其他位置，导致histo.xvg缺了一段，但是我尽管初始模 ...

说明你的CV不好，会经过自由能很高的区域导致无法采样，只能修改CV

CrysW555 发表于 2022-4-19 11:45
好的好的，感谢感谢

我增加了力场数，甚至到了40000都不太行，还是会跑到其他位置，导致histo.xvg缺了一段，但是我尽管初始模拟的时候取得是等间距的。我也尝试了增加采样点，结果也不太行，而且k增大钟形曲线很容易变窄，感觉还是1000的时候比较好。

请问您最后是怎么解决的呢？

Eva_Winter 发表于 2022-4-14 19:09
哦哦那不太一样，我取的轨迹都不能取到所有的位置。如果你初始位置都能取到等间距的，那就尽量增大力常数 ...

好的好的，感谢感谢

CrysW555 发表于 2022-4-2 15:45
我在拉伸之后提取到的各个轨迹都是处于等间隔的位置，但是进行伞形采样时就无法位置在那个位置，而是向旁 ...

哦哦那不太一样，我取的轨迹都不能取到所有的位置。如果你初始位置都能取到等间距的，那就尽量增大力常数吧。然后如果k太大，histo.xvg的钟形曲线会太细，可以减小间隔再多取一些初始轨迹。

Eva_Winter 发表于 2022-3-30 08:30
先尝试对采样得到的conf.gro跑平衡时用较大的k值。如果实在从轨迹里提取不到特定位置的gro文件，就手动把 ...

我在拉伸之后提取到的各个轨迹都是处于等间隔的位置，但是进行伞形采样时就无法位置在那个位置，而是向旁边能量较低的位置偏移，导致直方图中的各个窗口曲线无法很好的重叠。请问您的意思是在伞形采样之前对各个构象的短的平衡过程时使用较大的力限制在相应的反应坐标位置，然后伞形采样时再更换为正常大小的力常数吗？

CrysW555 发表于 2022-3-29 12:19
我也遇到了和您相似的问题，请问您是如何解决的？

先尝试对采样得到的conf.gro跑平衡时用较大的k值。如果实在从轨迹里提取不到特定位置的gro文件，就手动把gro文件里面的离子位置数据修改一下，使得离子初始位于缺失的位置，然后再最小化--平衡模拟，这里也要修改k值以得到合适的结果。k值特别大的时候，对应地histo.xvg里的钟形曲线会很窄，也不好让histo.xvg获得一个比较好的overlap。

我也遇到了和您相似的问题，请问您是如何解决的？