捐赠本论坛 (Donate this site)
开启辅助访问

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 第一性原理 (First-principles) › 进行结构优化时迭代没几步所有原子都变成了同一种原子

进行结构优化时迭代没几步所有原子都变成了同一种原子

查看数: 7768 | 评论数: 10 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左 右->
帖子模式
    组图打开中，请稍候......
一个头大
发布时间: 2020-3-7 09:10

正文摘要:

【求助】进行结构优化时迭代没几步所有原子都变成了同一种原子，也没有报错，这是为什么呢？下面是我的INCAR ISTART=0 ENCUT=500 ISIF=2 PREC=Medium GGA=91 EDIFF=1E-06 EDIFFG=-0.02 ALGO = FAST ISMEAR ...

回复 Reply

一个头大 发表于 Post on 2020-3-7 17:38:42
卡开发发 发表于 2020-3-7 16:12
你看一下CONTCAR结构没啥问题的话那可能不是这方面因素，检查一下能量计算的情况和每一步离子步是否SCF都 ...

好的，谢谢！我再试下。
卡开发发 发表于 Post on 2020-3-7 16:12:05
一个头大 发表于 2020-3-7 15:40
我又重新计算了一个之前优化成功的结构，这次出现了这种问题，会不会是VASP自身的问题？不是参数设置的问 ...

你看一下CONTCAR结构没啥问题的话那可能不是这方面因素，检查一下能量计算的情况和每一步离子步是否SCF都顺利收敛，如果这些都没问题，应该试试IBRION=2，IBRION=1不推荐在结构不太好的时候使用。
一个头大 发表于 Post on 2020-3-7 15:40:59
卡开发发 发表于 2020-3-7 15:33
给个错误信息的提示，我暂时没法判断错在哪。

我又重新计算了一个之前优化成功的结构，这次出现了这种问题，会不会是VASP自身的问题？不是参数设置的问题。
一个头大 发表于 Post on 2020-3-7 15:37:29
卡开发发 发表于 2020-3-7 15:33
给个错误信息的提示，我暂时没法判断错在哪。

没有错误，平常正确结束的会在200步以内完成，出现这种情况的400多步依旧无法完成迭代。我是认为这个结构已经优化失败了，所以输出不了正确结构，一直找不到问题在哪儿
卡开发发 发表于 Post on 2020-3-7 15:33:25
一个头大 发表于 2020-3-7 15:21
谢谢！可以正常读取图像了，但是结构优化无法正确进行，正确优化完成的结构CONTCAR也是这样，图像可以正 ...

给个错误信息的提示，我暂时没法判断错在哪。
一个头大 发表于 Post on 2020-3-7 15:21:16
卡开发发 发表于 2020-3-7 14:59
你看这行：

这个只写了不同元素的个数，元素名称被缺省了，但是对于VASP计算不碍事，因为VASP本身会根 ...

谢谢！可以正常读取图像了，但是结构优化无法正确进行，正确优化完成的结构CONTCAR也是这样，图像可以正确处理。所以就想问为什么出现这种情况，致使结构优化无法正确进行。
卡开发发 发表于 Post on 2020-3-7 14:59:28
一个头大 发表于 2020-3-7 13:42
这是CONTCAR，四种元素
7.2                                    
   1.0000000000000000     

你看这行：
64   8   2   6

这个只写了不同元素的个数，元素名称被缺省了，但是对于VASP计算不碍事，因为VASP本身会根据POTCAR顺序来区分这些数字分别是哪些元素的个数，这样就能确定下面坐标所对应的原子是什么元素了。

所以，这个解决方案就是，手工把元素名称按POTCAR顺序写到CONTCAR那一行上面，然后VESTA就正常读取了。
一个头大 发表于 Post on 2020-3-7 13:42:23
卡开发发 发表于 2020-3-7 11:11
可以把CONTCAR发来看看，估计是CONTCAR没写元素方面的信息引起的。

这是CONTCAR，四种元素
7.2                                    
   1.0000000000000000     
    14.6438999176000006    0.0000000000000000    0.0000000000000000
    -7.2399940656000004   12.7244683969000008    0.0000000000000000
    -0.1884883465000000   -0.1174169341000000   13.8371177594999999
  64   8   2   6
Direct
  0.2774412871931194  0.5559943653349042  0.0934406245686342
  0.2185142098885281  0.4432265447583957  0.0901044138659219
  0.2636507868833429  0.3776246848729560  0.1056690674363281
  0.2121342434128189  0.2723887508679063  0.0722365966953930
  0.2675394327564147  0.2167166856803351  0.0729069306182852
  0.3726722411913892  0.2681851526289319  0.1072133023467818
  0.4387089002883588  0.2233102687531084  0.0928870665520941
  0.5518310663099079  0.2817864397614494  0.0971038825224656
  0.2164244522214703  0.1093699261068608  0.0491783628496259
  0.2738320032123975  0.0553277363748991  0.0551699840700465
  0.3846308861650561  0.1126710847397734  0.0712814644188599
  0.4399029915514046  0.0562442809864650  0.0689322639213091
  0.5508531663057680  0.1129370887449336  0.0718106516132880
  0.6058164098607036  0.2244846101147548  0.0802907247235549
  0.7152547477206845  0.4452232265596971  0.0961909165384630
  0.7736757065647518  0.5581699095456362  0.0906536702137577
  0.7290533656921233  0.6245161954140662  0.1036206996520923
  0.7169408390096209  0.2794635552002059  0.0751320009752419
  0.7721251406612046  0.3907431940895455  0.0799822981795717
  0.6064568956909194  0.0567573002036564  0.0646360119183904
  0.7170300647079427  0.1126174905911127  0.0580758019896599
  0.7722106731119562  0.2238603441418054  0.0626696740811434
  0.1045524812516092  0.2213478174519233  0.0486147733472087
  0.0502738766689076  0.1112675236644741  0.0329139661541151
  0.1063089391184190  0.0552447532296181  0.0330072648881894
  0.1076516002080563  0.3892482448552188  0.0699478506978028
  0.0503553987297873  0.2785461727267890  0.0545551377734037
  0.2199050199210825  0.6103765677443017  0.0786495260784321
  0.1082077850153122  0.5555206261760597  0.0714363812895841
  0.0513265153484400  0.4445715709871283  0.0684293068916942
  0.7795584504539027  0.7286760167632212  0.0692396096413995
  0.7238537028824598  0.7840659081232932  0.0682837307325499
  0.6194867732210522  0.7333945456662575  0.1014053479969009
  0.5534787403286139  0.7782529344563205  0.0871868700967512
  0.4409476316551401  0.7194529986977083  0.0921769489753650
  0.3861504849506953  0.7766615082198195  0.0780531469525354
  0.2748865703746635  0.7215363746909736  0.0738679778016123
  0.2191452761783944  0.7770120509136392  0.0622879362958723
  0.1078414986759103  0.7218301975807127  0.0583214766666846
  0.0519415919711205  0.6112093379522782  0.0651845622206625
  0.4408423519139232  0.8881928842127621  0.0706130067570090
  0.3849985888967374  0.9443536550516731  0.0651496559040017
  0.2742247938096834  0.8882430184310948  0.0585101690352161
  0.6069501517885968  0.8886408109869268  0.0674872459568871
  0.5516480453989401  0.9449817003777357  0.0670051915476303
  0.7744593361738430  0.8913112592866771  0.0458270016450407
  0.7172934659275495  0.9455421103589552  0.0522364134306141
  0.2187703540945662  0.9441020787280341  0.0488558879660538
  0.1073972049116142  0.8883105145373027  0.0400080505996164
  0.0518193221079477  0.7770835998460260  0.0481581242992965
  0.8865676602127152  0.7793805275231087  0.0466866014186717
  0.9403840400840872  0.8892719420065389  0.0315738205340633
  0.8843321246029605  0.9453180089354799  0.0314317255329601
  0.8837945139869656  0.6117009348964960  0.0696011348483439
  0.9407154931760935  0.7221136469288811  0.0534453546000303
  0.8834758732925758  0.4454941522959697  0.0717475684263644
  0.9401759216294597  0.5563917699279033  0.0684135156698403
  0.8833863473717405  0.2789349291479535  0.0587395106493805
  0.9394941723453512  0.3896864376781518  0.0654414482108532
  0.7722281129447981  0.0566899634653889  0.0477160147652134
  0.8833722343310457  0.1122690187882579  0.0399163860969124
  0.9391329710099042  0.2235252785493973  0.0487933601795939
  0.0515232691536001  0.9440539299635782  0.0305453069892839
  0.9390924595487625  0.0564873908494132  0.0304930000908042
  0.3522484150838489  0.4128699760043131  0.1593241454136133
  0.3858475869417163  0.6115661056982745  0.1082666772892434
  0.4076473088371890  0.3574233617492903  0.1593454242419751
  0.6410430713445991  0.5910169653984004  0.1554220743775694
  0.5858362799513098  0.6461979716659284  0.1546924909453806
  0.6078505622829776  0.3898331885204451  0.1139680909739969
  0.5689397178451745  0.4410563511751571  0.3248906802164412
  0.4545655664075144  0.5665533254273267  0.3299521936549211
  0.4509544357142908  0.5501407852451893  0.1870468244625859
  0.5430840766088556  0.4571200171078630  0.1847547441873486
  0.6126691694550785  0.5102348310151640  0.3622529288392806
  0.4700520007260761  0.6422591077614569  0.3399070329361055
  0.6123224309875304  0.4035456018112292  0.3272730296179245
  0.3819439894511853  0.5179309981439524  0.3575293599758537
  0.5021784397734484  0.3956753835658718  0.3631304068671097
  0.5083262335382671  0.5589725955933591  0.3722701939064537

  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
卡开发发 发表于 Post on 2020-3-7 11:11:51
一个头大 发表于 2020-3-7 09:14
这是优化几步后从CONTCAR导出的结构。

可以把CONTCAR发来看看，估计是CONTCAR没写元素方面的信息引起的。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 07:29 , Processed in 0.153572 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list