vayne 发表于 2019-11-20 23:04
老师您好 还是晶体的问题。VMD里如何给自动生成的石墨烯纳米带施加周期性，让它能成功导成cif格式呢

VMD没有保存cif文件的功能

卡开发发 发表于 2019-9-24 12:52
直接改肯定不行，你得把这些排成VASP的POSCAR的格式才行。

老师您好 还是晶体的问题。VMD里如何给自动生成的石墨烯纳米带施加周期性，让它能成功导成cif格式呢

卡开发发 发表于 2019-10-8 20:16
10nm已经100 Angstroms了，周期性不够，用非周期的又太长，只能近似处理下。

- - 好吧 谢谢您

vayne 发表于 2019-10-8 15:38
谢谢，我看到了，但我想请教一个可能特浅薄的问题。就比如我想计算一定长度的碳纳米管的能带、声子态密 ...

10nm已经100 Angstroms了，周期性不够，用非周期的又太长，只能近似处理下。

卡开发发 发表于 2019-10-8 15:06
MS产生的纳米管有周期性的模型，这种可以做成cif的。

谢谢，我看到了，但我想请教一个可能特浅薄的问题。就比如我想计算一定长度的碳纳米管的能带、声子态密度，例如10nm长。那我用周期性的模型计算有用吗？亦或是这两种模型的计算差别在哪呢？

谢谢，我看到了，但我想请教一个可能特浅薄的问题。就比如我想计算一定长度的碳纳米管的能带、声子态密度，例如10nm长。那我用周期性的模型计算有用吗？亦或是这两种模型的计算差别在哪呢？

vayne 发表于 2019-10-8 14:46
你好，我用的是MS自动生成的碳纳米管模型。保存时提示模型必须是晶体才能保存为cif格式，请问如何让其变 ...

MS产生的纳米管有周期性的模型，这种可以做成cif的。

卡开发发 发表于 2019-9-25 21:35
如果你清楚VASP的输入格式，那么手工进行修改没问题，如果不太了解两者我的转换关系，那么如楼上所说转换 ...

你好，我用的是MS自动生成的碳纳米管模型。保存时提示模型必须是晶体才能保存为cif格式，请问如何让其变成晶体呢？

你好，我用的是MS自动生成的碳纳米管模型。保存时提示模型必须是晶体才能保存为cif格式，请问如何让其变成晶体呢？

vayne 发表于 2019-9-25 20:13
嗯嗯 这前面的几个数可以删掉 我之前用LAMMPS做MD模拟的时候前边几列数不影响计算，不知道VASP会不会受影 ...

如果你清楚VASP的输入格式，那么手工进行修改没问题，如果不太了解两者我的转换关系，那么如楼上所说转换成cif再用Vesta转换为POSCAR比较简单。

Picardo 发表于 2019-9-24 21:02
你用VMD导出个什么cif或者xyz再用vesta打开转化成POSCAR就完事了

好嘞 谢谢 我试试

卡开发发 发表于 2019-9-24 17:00
比如，下面坐标的位置，前三个数是xyz，按你现在的格式肯定不行。

嗯嗯 这前面的几个数可以删掉 我之前用LAMMPS做MD模拟的时候前边几列数不影响计算，不知道VASP会不会受影响，我会删掉的 - -

你用VMD导出个什么cif或者xyz再用vesta打开转化成POSCAR就完事了

vayne 发表于 2019-9-24 16:56
格式的话 应该没什么大问题。就是我看到的官网上的例子内盒子坐标都是正的，原子数目也不多。不知道这是 ...

比如，下面坐标的位置，前三个数是xyz，按你现在的格式肯定不行。