团簇破坏了表面的平移对称性，即把下面周期性的表面造成足够大的超晶格，然后在这个足够大的表面上再负载团簇。计算若使用LCAO程序，团簇单独按照孤立体系做；如果非得要求使用周期性边界的情况（平面波）则应该把团簇放到较大的盒子中进行计算。