gromacs跑完后结构松散求助

查看数: 9162 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2019-6-3 19:33

各位老师，请问为什么我用packmol建完结构后经过能量最小化后，再跑npt，跑完之后的盒子边缘并不平整，有部分分子跑出了盒子(图1与图2是同样的离子液体，图2是正常的，图1有部分飞出了盒子，图一分子数是图2的四分之 ...

回复 Reply

wfmf1994 发表于 Post on 2019-6-4 14:27:27

diaok 发表于 2019-6-4 12:17
只要没报错就正常

那就好，谢谢

diaok 发表于 Post on 2019-6-4 12:17:23

wfmf1994 发表于 2019-6-4 08:50
但是我看之前跑的npt都十分的紧密，这次做的却很松散，这个结果是正常的吗

只要没报错就正常

wfmf1994 发表于 Post on 2019-6-4 08:50:43

diaok 发表于 2019-6-3 20:55
飞出去是周期性条件跑到相接的盒子里了，是正常现象，不影响结果

但是我看之前跑的npt都十分的紧密，这次做的却很松散，这个结果是正常的吗

diaok 发表于 Post on 2019-6-3 20:55:28

飞出去是周期性条件跑到相接的盒子里了，是正常现象，不影响结果

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register