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巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法

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发布时间: 2019-5-7 16:11

正文摘要:

重要提示:下文是很早以前写的,如今已经没意义了!如今使用Multiwfn官网上的最新版本,结合下文提到的xtb产生的molden文件作为输入文件,直接用《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间 ...

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xu123123 发表于 Post on 2025-6-19 19:30:06
sobereva 发表于 2025-6-19 17:22
这图跟极值点毫无关系
极值点是表面上一个具体的点,而当前的图统计的是范德华表面上不同静电势数值范围 ...

谢谢老师的解答。
sobereva 发表于 Post on 2025-6-19 17:22:38
xu123123 发表于 2025-6-19 15:05
就是一个静电势的极值点,

这个图画的是所有的静电势的点,还是所有的静电势极值点呢?

这图跟极值点毫无关系
极值点是表面上一个具体的点,而当前的图统计的是范德华表面上不同静电势数值范围包含的面积
xu123123 发表于 Post on 2025-6-19 15:05:45
sobereva 发表于 2025-6-19 05:54
体现的是不同静电势范围对应的分子表面上的面积
你说的“点”意义不明

就是一个静电势的极值点,

这个图画的是所有的静电势的点,还是所有的静电势极值点呢?

然后就是面积越大,说明这个对应静电势能量的极值点的数量就越多是吗?不知道我理解的对不对 老师。
sobereva 发表于 Post on 2025-6-19 05:54:49
xu123123 发表于 2025-6-18 14:54
老师好,我想请问这个静电势柱状图中的纵轴 area 的意思是,area 的值越大,这一点所占表面积就越大吗?

...

体现的是不同静电势范围对应的分子表面上的面积
你说的“点”意义不明
xu123123 发表于 Post on 2025-6-18 14:54:17
老师好,我想请问这个静电势柱状图中的纵轴 area 的意思是,area 的值越大,这一点所占表面积就越大吗?

这个图是不考虑这个点的值是正值还是负值,只考虑这点的表面积的大小吗?

1.png (37.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 125)

1.png

2.png (305.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 121)

2.png
sobereva 发表于 Post on 2025-6-7 01:31:10
xu123123 发表于 2025-6-6 10:53
这个图是新旧OCRA两个版本分别生成的同一结构的molden文件。

旧版本的molden导入multiwfn会提醒一个警告 ...

别乱拼ORCA

不同大版本默认设置不同,导致同一个输入文件计算结果有差异非常正常,下文也说了,你不给具体输入文件没法判断
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html

如今没有任何理由还用ORCA 5

xu123123 发表于 Post on 2025-6-6 11:47:16
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-6 11:13
ORCA 6.0与5.0在输出的molden文件上有个字段的重要区别,看http://bbs.keinsci.com/thread-48197-1-1.htm ...

谢谢老师解答,我再看看帖子
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-6-6 11:13:48
xu123123 发表于 2025-6-6 10:53
这个图是新旧OCRA两个版本分别生成的同一结构的molden文件。

旧版本的molden导入multiwfn会提醒一个警告 ...

ORCA 6.0与5.0在输出的molden文件上有个[Pseudo]字段的重要区别,看http://bbs.keinsci.com/thread-48197-1-1.html这帖。可能这个字段在molden文件末尾,所以只看开头就会错过之。
至于坐标的差异,如果确信输入文件的结构与关键词均完全一致,可以把关键词贴出来看看有没有哪个会涉及坐标变换。
xu123123 发表于 Post on 2025-6-6 10:53:20
本帖最后由 xu123123 于 2025-6-6 10:55 编辑

这个图是新旧OCRA两个版本分别生成的同一结构的molden文件。

旧版本的molden导入multiwfn会提醒一个警告”当您忘记将.molden文件[atoms]字段中的原子指数修改为实际核电荷时,可能会使用ECP”,并且测试发现旧版本无法正确计算静电势的值,只有ORCA6.0新版本能正确计算。

然后我打开了新旧版本生成的molden文件,发现旧版本和新版本的OCRA的原子指数是一样的,也就是核电荷数是一样的,

我看了老师的另一个帖子,是在旧版本生成的molden文件的做些修改即可(即更改原子指数)也能正常放入multiwfn里正常计算静电势值,但是两个版本OCRA生成的molden文件里面Au C H原子的原子指数都是一样的,一个新版本生成的molden能正常计算静电势,另一个旧版本不能正常计算静电势,二者只有xyz坐标不一样,为什么旧版本OCRA5.0不能正常计算,而新版本OCRA6.0能计算静电势,二者仅仅是坐标不一样吗?

ppp.png (152.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 122)

ppp.png
sobereva 发表于 Post on 2025-6-6 00:58:51
xu123123 发表于 2025-6-5 19:22
我按老师说的用orca6.0和multiwfn的两个软件的最新版已经成功将静电势计算的问题解决了,谢谢老师的指点 ...

自己根据计算流程搞清楚xyz坐标为什么不同,没细节别人没法判断
xu123123 发表于 Post on 2025-6-5 19:22:40
sobereva 发表于 2025-6-4 17:07
按我前面说的改完了molden文件再计算
Multiwfn都提示得如此明确了:

我按老师说的用orca6.0和multiwfn的两个软件的最新版已经成功将静电势计算的问题解决了,谢谢老师的指点。

老师我还有一个疑问是我分别用orca5.0和orca6.0生成的同一个结构的molden文件,我发现两个molden的Au的原子索引都是79,C和H分别是6和1 都是一样的,两个文件最前面就只有xyz坐标不一样,请问老师这个是orca内部计算的原因吗?
xu123123 发表于 Post on 2025-6-4 22:16:42
好的谢谢老师
xu123123 发表于 Post on 2025-6-4 15:05:05
sobereva 发表于 2025-6-4 09:56
molden文件压缩后传网盘贴链接,说明Multiwfn里输入的所有命令
那叫ORCA

老师这个是体系molden的网盘链接:https://pan.baidu.com/s/1_-Kc6Fwr01fV9aWYE9MUjg?pwd=zysm

在multiwfn的指令是
12
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sobereva 发表于 Post on 2025-6-4 09:56:17
xu123123 发表于 2025-6-4 09:52
老师,我把ocra生成的molden文件直接放入multiwfn里计算后,发现还是无法找到表面静电势的最大值,请问老 ...

molden文件压缩后传网盘贴链接,说明Multiwfn里输入的所有命令
那叫ORCA

倘若用了赝势,需要恰当修改molden文件,下文明确说了,否则静电势算得没意义
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
懒得改就用ORCA和Multiwfn的最新版本,不需要自己修改,上文说了

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