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为什么计算小分子结合自由能的结果里GB数值是负的，PB数值是正的？

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panger3

发布时间: 2019-4-13 11:44

正文摘要:

我根据Amber自由能的教程里计算了个小分子结合蛋白的自由能计算。但是最终结果里面，GB计算出来的是负值，而PB计算的是正值。这就很尴尬了，请各位老师指点一下。

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panger3 发表于 Post on 2019-4-19 16:04:34

fhh2626 发表于 2019-4-18 15:51
不知道你有没有用NAMD的经验，如果你只有用Amber的经验的话还是建议你用amber里面的APR方法，计算绝对结 ...

谢谢您的建议，我自己仔细的学习下。

fhh2626 发表于 Post on 2019-4-18 15:51:14

panger3 发表于 2019-4-15 21:49
十分感谢！我先尝试下用NAMD算一算，看看能不能算出来。我也看到您发的帖子了，不知道有没有NAMD计算自由 ...

不知道你有没有用NAMD的经验，如果你只有用Amber的经验的话还是建议你用amber里面的APR方法，计算绝对结合自由能这个过程要从零开始的话还是比较复杂

如果你有经验的话就好多了

panger3 发表于 Post on 2019-4-15 21:49:14

fhh2626 发表于 2019-4-14 01:29
1.一般来说不行，MM-XBSA的绝对值基本等同于随机数，现有方法算出来的熵（估计你想说的是熵？）就更不靠 ...

十分感谢！我先尝试下用NAMD算一算，看看能不能算出来。我也看到您发的帖子了，不知道有没有NAMD计算自由能的教程么？
谢谢您的回复！

fhh2626 发表于 Post on 2019-4-14 01:29:26

panger3 发表于 2019-4-14 00:14
你好，我是第一次做自由能方面的内容，有些问题还是需要向您请教下。
1.就是如果我加上焓变部分，这个计 ...

1.一般来说不行，MM-XBSA的绝对值基本等同于随机数，现有方法算出来的熵（估计你想说的是熵？）就更不靠谱了，当然你运气好算出来绝对值和实验值一样审稿人也不能说什么
2.FEP或者TI都是理论非常严谨的方法，不过要算结合自由能的话需要一些技巧（相对来说比MM-XBSA复杂，如果你用NAMD的话有比较简单的工具）
另外Amber中还有一个attach-pull-release方法，理论也比较严谨
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial29/index.html

panger3 发表于 Post on 2019-4-14 00:14:32

fhh2626 发表于 2019-4-13 16:54
没有什么奇怪的，首先mmgbsa只是mmpbsa的一个近似，另外mmxbsa一般用来比较两个相似体系的相对值，绝对值和 ...

你好，我是第一次做自由能方面的内容，有些问题还是需要向您请教下。
1.就是如果我加上焓变部分，这个计算自由能的结果可否作为理论计算同实验值进行对比呢？
2.如果这个方法没有办法准确计算一个体系的自由能，那么我需要利用哪种方法和软件进行呢？TI？FEP？
导师说有实验值计算结果，需要理论值佐证。新人问题可能比较初级，万网不吝指教，十分感谢

fhh2626 发表于 Post on 2019-4-13 16:54:57

没有什么奇怪的，首先mmgbsa只是mmpbsa的一个近似，另外mmxbsa一般用来比较两个相似体系的相对值，绝对值和随机数差不多，没什么价值

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