求助分子动力学模拟中PPi(焦磷酸根）力场问题

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发布时间: 2019-4-12 19:48

本帖最后由 delbert 于 2019-4-12 19:58 编辑最近在做蛋白质的MD模拟，想从反应中间进行模拟（图中第二个红圈），但是其中的有Mg2+，碳正离子，PPi(焦磷酸根），如果运行MD就要对碳正离子和PPi(焦磷酸根）进行RE ...

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delbert 发表于 Post on 2019-4-17 20:40:39

k64_cc 发表于 2019-4-15 09:57
你看它叫Mg2+，那肯定是带2+的……
一般都是把小分子择出来分别拟合，担心构象问题可以考虑搜索多个构象 ...

问题解决了直接用antechamber解决了
谢谢你的回复

k64_cc 发表于 Post on 2019-4-15 09:57:38

delbert 发表于 2019-4-13 00:03
sobereva老师
您好！
对于没有在正确的板块发帖下回一定注意。

你看它叫Mg2+，那肯定是带2+的……
一般都是把小分子择出来分别拟合，担心构象问题可以考虑搜索多个构象一起拟合，Multiwfn是支持的，十分好用。

佐贺偶像是传奇十分CULT，我觉得挺好看的……

sobereva 发表于 Post on 2019-4-12 22:50:22

RESP电荷计算用Multiwfn极为容易，这点毫无难度
碳正离子和焦磷酸根拓扑文件用antechamber/acpype应当就可以搞
如果不是模拟化学反应不需要QMMM MD

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