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请问跑完动力学没有生成.gro文件怎么办？

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yihanxu

发布时间: 2019-3-25 02:55

正文摘要:

本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-24 12:59 编辑老师好，请问跑完动力学没有生成field.gro文件怎么办？谢谢。其他文件类型都生成了。注：用的以下命令 gmx grompp -f field.mdp -c eq.gro -t eq.cpt -p PANI2_mm ...

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sobereva 发表于 Post on 2019-3-30 05:50:06

yihanxu 发表于 2019-3-30 04:26
谢谢老师，但是我selected atoms里面输入all也没成功呢，生成的文件0K。

远程说不清楚。只能怀疑你载入的就有问题

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yihanxu	+ 4	谢谢

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yihanxu 发表于 Post on 2019-3-30 04:26:17

sobereva 发表于 2019-3-29 13:19
得选selected atoms

谢谢老师，但是我selected atoms里面输入all也没成功呢，生成的文件0K。

sobereva 发表于 Post on 2019-3-30 03:19:35

yihanxu 发表于 2019-3-30 02:54
老师好，用VMD可以把轨迹保存成gro吗？我试了一下，没成功呢。谢谢。

得选selected atoms

yihanxu 发表于 Post on 2019-3-27 04:25:59

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-26 02:55
希望多多交流沟通！

是的！哈哈

少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2019-3-26 16:55:16

yihanxu 发表于 2019-3-26 10:58
哦！明白了，谢谢回复，哈哈

希望多多交流沟通！

yihanxu 发表于 Post on 2019-3-26 10:58:23

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-25 19:35
因为我看见您说，你没有gro文件，sob老师让您提取轨迹文件最后一帧当做gro文件，所以我想问那个问题

哦！明白了，谢谢回复，哈哈

少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2019-3-26 09:35:23

yihanxu 发表于 2019-3-26 00:21
你好！为什么要将tpr格式转换成gro格式呢？

因为我看见您说，你没有gro文件，sob老师让您提取轨迹文件最后一帧当做gro文件，所以我想问那个问题

yihanxu 发表于 Post on 2019-3-26 00:21:12

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-24 18:49
老师，我想请教。如何将tpr格式转换成gro格式呢？

你好！为什么要将tpr格式转换成gro格式呢？

少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2019-3-25 19:11:32

sobereva 发表于 2019-3-25 15:52
产生tpr时候的格式文件没留这么？

靠gmx dump可以把tpr里的信息都转换成文本信息，然后手动整理成gro ...

原来是这样非常感谢您的指导！

sobereva 发表于 Post on 2019-3-25 15:52:13

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-25 08:49
老师，我想请教。如何将tpr格式转换成gro格式呢？

产生tpr时候的格式文件没留这么？

靠gmx dump可以把tpr里的信息都转换成文本信息，然后手动整理成gro文件

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参与人数 Participants 1	eV +5	收起理由 Reason
yihanxu	+ 5

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少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2019-3-25 08:49:58

老师，我想请教。如何将tpr格式转换成gro格式呢？

sobereva 发表于 Post on 2019-3-25 03:59:10

检查log文件，大不了直接提取轨迹最后一帧当gro用

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参与人数 Participants 1	eV +2	收起理由 Reason
yihanxu	+ 2	谢谢sob老师！

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