sobereva 发表于 2025-3-20 19:30
程序限制之类。问作者
用gmx insert-molecules插入

好的，谢谢sob老师

tktk67 发表于 2025-3-20 19:17
老师因为我研究的是超临界环境，按照已有的论文来设置确实需要很大的体系，但是设置的inp文件z方 ...

程序限制之类。问作者
用gmx insert-molecules插入

sobereva 发表于 2025-3-20 18:02
389nm忒夸张了

老师因为我研究的是超临界环境，按照已有的论文来设置确实需要很大的体系，但是设置的inp文件z方向最高到3000多，但是生成的pdb文件z方向坐标最高只到900多，这是为什么啊

tktk67 发表于 2025-3-20 17:53
请教老师，我设置的体系z方向长度是389nm，填充的是n2分子，为什么最后生成的pdb文件n2分子并没有填满整个 ...

389nm忒夸张了

请教老师，我设置的体系z方向长度是389nm，填充的是n2分子，为什么最后生成的pdb文件n2分子并没有填满整个体系那？

牧生 发表于 2024-4-7 12:06
你看一下第一楼的教程和模板吧
需要把pdb文件和inp放在一起

我放在一起运行的，但还是有这个错误，是我的输入文件有问题吗？

我都放在一起了，但是运行时还是出现segmantation fault

小沫沫 发表于 2024-4-7 11:42
您好，看到您修改了一个帖子的错误，跟我当时模拟的错误一样，您可以帮忙看下吗？ 我是通过腐殖酸片段模 ...

你看一下第一楼的教程和模板吧
需要把pdb文件和inp放在一起

牧生 发表于 2022-4-30 16:20
你注意看一下你建立盒子的大小
比如这部分是没有错的
structure CO2.pdb

您好，看到您修改了一个帖子的错误，跟我当时模拟的错误一样，您可以帮忙看下吗？ 我是通过腐殖酸片段模拟腐殖酸的结构，麻烦您了     tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output HA.pdb

structure C:\Packmol\test1\water.pdb
  number 1000
  inside box 0.0.0.50.50.50
end structure

structure C:\Packmol\test1\C4H4O4.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C4H6O5.pdb
  number 1
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C5H8O3.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C6H12O3.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture
错误也是segmantation fault

davi 发表于 2024-3-13 10:02
老师，问个问题，建packmol或者说跑动力学前，需要对分子进行量子化学优化opt吗

没绝对必要

老师，问个问题，建packmol或者说跑动力学前，需要对分子进行量子化学优化opt吗

wilely 发表于 2024-3-12 20:23
您好，我做环糊精与另外两个分子结合的模拟，初始结构文献是先用环糊精与一个分子结合计算后，再以此复合物 ...

完全取决于研究目的
倘若你对结合过程感兴趣，显然就不能这样

您好，我做环糊精与另外两个分子结合的模拟，初始结构文献是先用环糊精与一个分子结合计算后，再以此复合物为基础与l另外一个分子结合。可不可以开始就把三个分子放在一起作为初始结构。

zhangfaxue 发表于 2023-11-30 20:01
请问add_box_sides 1.2这一行是不是意味着创建的盒子每个方向上都在原来的基础上增加了1.2埃，那盒子大小就 ...

没有什么所谓的“原来的基础”
这是代表相对于当前体系最外侧原子，往各个方向延展1.2埃来定义盒子，类似于gmx editconf的-d

请问add_box_sides 1.2这一行是不是意味着创建的盒子每个方向上都在原来的基础上增加了1.2埃，那盒子大小就不是我原来计算密度时设定的大小了这样会对最终结果产生影响吗?