sobereva 发表于 2018-12-30 04:27 谢谢老师 ![]() 学习了很多 |
柒月小鱼 发表于 2018-12-29 10:31 没法严格约束整个分子的结构严格不变,但可以添加一些约束项,保持某些关键原子间距离不变,等效起到维持结构的效果,或者增加导致严重变形的几何变量的力常数 |
sobereva 发表于 2018-12-28 13:04 还要麻烦老师一个问题 我的分子跑完动力学后,某种分子变形比较厉害,那我可以设定在跑的时候分子只移动而结构不发生变化了 小白问题,还请老师见谅 ![]() |
sobereva 发表于 2018-12-28 13:04 谢谢老师 ![]() |
柒月小鱼 发表于 2018-12-28 09:40 第0帧对应初始结构 |
参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
---|---|---|
| + 5 | 谢谢老师耐心指点 |
sobereva 发表于 2018-12-28 01:18 谢谢老师 可是从0开始的话,VMD就有6001帧了。而我的GMX算出来只有6000帧诶 还请老师批评 |
柒月小鱼 发表于 2018-12-27 17:26 恰当用-pbc选项处理就完了,我的目的是提示你dump怎么用 VMD的编号从0开始 |
1 用比如gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -o 3000ps.gro -dump 3000,就可以提取最接近3000ps的那一帧 2 操作没问题。但记得载入gro后把当前仅有的那一帧先删掉 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2025-8-18 05:59 , Processed in 0.213385 second(s), 28 queries , Gzip On.