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GMX如何导出确定的某一帧坐标

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发布时间: 2018-12-26 21:45

正文摘要:

本帖最后由 柒月小鱼 于 2018-12-26 22:47 编辑 1.我在跑完一个退火过程后,取最后1ns中的能量最低的结构做QM/MM模拟 其中gmx energy -f heat.edr -o heat.xvg查看能量最低的那一帧 2.如果我发现第1001帧的 ...

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柒月小鱼 发表于 Post on 2018-12-30 09:57:33
sobereva 发表于 2018-12-30 04:27
没法严格约束整个分子的结构严格不变,但可以添加一些约束项,保持某些关键原子间距离不变,等效起到维持 ...

谢谢老师
学习了很多
sobereva 发表于 Post on 2018-12-30 04:27:50
柒月小鱼 发表于 2018-12-29 10:31
还要麻烦老师一个问题
我的分子跑完动力学后,某种分子变形比较厉害,那我可以设定在跑的时候分子只移动 ...

没法严格约束整个分子的结构严格不变,但可以添加一些约束项,保持某些关键原子间距离不变,等效起到维持结构的效果,或者增加导致严重变形的几何变量的力常数
柒月小鱼 发表于 Post on 2018-12-29 10:31:48
sobereva 发表于 2018-12-28 13:04
第0帧对应初始结构

还要麻烦老师一个问题
我的分子跑完动力学后,某种分子变形比较厉害,那我可以设定在跑的时候分子只移动而结构不发生变化了
小白问题,还请老师见谅
柒月小鱼 发表于 Post on 2018-12-28 15:53:19
sobereva 发表于 2018-12-28 13:04
第0帧对应初始结构

谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2018-12-28 13:04:16
柒月小鱼 发表于 2018-12-28 09:40
谢谢老师
可是从0开始的话,VMD就有6001帧了。而我的GMX算出来只有6000帧诶
还请老师批评

第0帧对应初始结构

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柒月小鱼 + 5 谢谢老师耐心指点

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柒月小鱼 发表于 Post on 2018-12-28 09:40:46
sobereva 发表于 2018-12-28 01:18
恰当用-pbc选项处理就完了,我的目的是提示你dump怎么用
VMD的编号从0开始

谢谢老师
可是从0开始的话,VMD就有6001帧了。而我的GMX算出来只有6000帧诶
还请老师批评
sobereva 发表于 Post on 2018-12-28 01:18:13
柒月小鱼 发表于 2018-12-27 17:26
谢谢老师的指教,我尝试了下
1.导出的是一个周期性的盒子,外层是有破碎的分子的,但是内层坐标与方法2 ...

恰当用-pbc选项处理就完了,我的目的是提示你dump怎么用
VMD的编号从0开始
sobereva 发表于 Post on 2018-12-27 05:55:14
1 用比如gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -o 3000ps.gro -dump 3000,就可以提取最接近3000ps的那一帧

2 操作没问题。但记得载入gro后把当前仅有的那一帧先删掉

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