sobereva 发表于 2018-10-29 21:31
人工检查一下结果的合理性便知

嗯，好的，再次感谢sob老师！

lewisbase 发表于 2018-10-29 21:11
感谢sob老师的耐心解答，我去仔细比对一下其与没有质子化下的情况。我还不确定的一点是像我这样添加氢原 ...

人工检查一下结果的合理性便知

sobereva 发表于 2018-10-29 20:41
仔细检查ATB给出的拓扑文件到底合不合理，原子数目、原子类型、原子电荷、力场参数、拓扑文件里的各种项到 ...

感谢sob老师的耐心解答，我去仔细比对一下其与没有质子化下的情况。我还不确定的一点是像我这样添加氢原子并改变电荷处理质子化的流程正确吗？

仔细检查ATB给出的拓扑文件到底合不合理，原子数目、原子类型、原子电荷、力场参数、拓扑文件里的各种项到底都对不对，确信没问题再用。而且本身Si元素就比较特殊，因此就更得细心检查。
如果检查都没问题了，但是模拟实际体系时候有乱七八糟报错，先尝试在真空下模拟单个分子，这样有问题也便于排查。