模拟液体粘度时，用gmx energy命令怎么没有1/viscosity那一项

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发布时间: 2018-8-8 17:44

模拟液体粘度时，nvt 200ps，npt200ps，用gmx energy 命令怎么没有1/viscosity那一项，在最后npt.mdp文件中添加了cos-acceleration=0.05

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lonemen 发表于 Post on 2019-3-9 09:18:25

嗯嗯，学习了。收藏了

shanxitaiyuan 发表于 Post on 2018-8-11 19:34:12

好的，谢谢

sobereva 发表于 Post on 2018-8-10 05:08:57

原作者是在NVT下做的，NVT下做比用NPT原理上应该更严格些，但我用NPT做过，结果也很合理

wbn 发表于 Post on 2018-8-9 09:45:43

shanxitaiyuan 发表于 2018-8-9 09:06
为什么要用NVE呢，我用了NVT.NPT有什么不合理吗

cos-accelaration和pressure coupling 好像不兼容。NVT也可以，但是一般NVE artifect 可能会小一些。当然这也有可能是迷信

shanxitaiyuan 发表于 Post on 2018-8-9 09:06:55

wbn 发表于 2018-8-9 01:40
P coupling 去掉。最好用NVE。模拟时间最少20 ns

为什么要用NVE呢，我用了NVT.NPT有什么不合理吗

wbn 发表于 Post on 2018-8-9 01:40:08

P coupling 去掉。最好用NVE。模拟时间最少20 ns

wbn 发表于 Post on 2018-8-9 01:38:51

mdp里cos-acceleration 拼错了

参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
sobereva	+ 1	233333

shanxitaiyuan 发表于 Post on 2018-8-8 18:39:56

什么问题会导致这样的情况呢

sobereva 发表于 Post on 2018-8-8 18:12:57

只要操作完全正确，没有理由没有那一项

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