请问怎么用VMD计算蛋白质侧链中半径R以内（比如5埃）每一个原子的sasa呢？

请问老师，我计算按照vmd的tcl文件计算得到的结果均为0，这该怎么解决呢？

zlyuan 发表于 2019-8-19 16:44
sob老师，我想利用-restrict，计算半胱氨酸残基中巯基—SH基团的溶剂可及性，怎么实现？

-restrict后面加上基团的选择语句就完了
参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

sobereva 发表于 2018-7-17 13:36
值得一提的是，利用-restrict，也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积，例

sob老师，我想利用-restrict，计算半胱氨酸残基中巯基—SH基团的溶剂可及性，怎么实现？

zdwssg123 发表于 2018-8-23 19:10
sob老师，这个vmd除了蛋白质的疏水和亲水的sasa，能计算其他的分子类型吗，为什么我用这种方法，算出来的 ...

只对蛋白质能用。VMD对标准氨基酸划分成了疏水和非疏水，所以才能直接那么写。其它的分子，你得自行划定哪些原子/残基是疏水哪些是亲水，然后在-restrict后面用相应的选择语句选择

sobereva 发表于 2018-7-17 13:36
值得一提的是，利用-restrict，也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积，例

sob老师，这个vmd除了蛋白质的疏水和亲水的sasa，能计算其他的分子类型吗，为什么我用这种方法，算出来的疏水面积是0呢？还请sob老师指教一下，感激不尽!

lijiayisjtu 发表于 2018-8-1 19:26
您好，我把freeSASA.tcl 脚本和 prmtop文件，以及轨迹文件放在一起，在VMD的tcl 输入却找不到，这该如何 ...

正常来说，不可能存在这种情况。不行的话，可以试试在脚本前面加上绝对路径

ene 发表于 2018-7-28 13:54
原来如此，是我粗心大意了。谢谢老师

您好，我把freeSASA.tcl 脚本和 prmtop文件，以及轨迹文件放在一起，在VMD的tcl 输入却找不到，这该如何解决呢，谢谢

谢谢分享

sobereva 发表于 2018-7-17 13:36
值得一提的是，利用-restrict，也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积，例

原来如此，是我粗心大意了。谢谢老师

值得一提的是，利用-restrict，也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积，例

多谢