关于怎么计算氢键寿命

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发布时间: 2018-6-5 21:14

本帖最后由 jitalaoui 于 2018-6-5 21:17 编辑大家好，我想请问一下大家关于计算氢键寿命的问题。比如说我有300个pdb文件，也就是300ns每隔1ns得到的轨迹文件，我想求300ns内氢键的寿命，其中一个氢键在连续5帧 ...

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jitalaoui 发表于 Post on 2018-6-7 15:09:02

sobereva 发表于 2018-6-6 03:49
氢键寿命明显达不到1ns，每隔1ns存一次的结构文件明显没法用于统计氢键寿命

如果你用的gmx，自带的hbond ...

哦哦，好的，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2018-6-6 03:49:12

氢键寿命明显达不到1ns，每隔1ns存一次的结构文件明显没法用于统计氢键寿命

如果你用的gmx，自带的hbond命令直接就可以输出氢键寿命，公式如下

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