lijiayisjtu 发表于 2018-6-9 16:35
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial2/index.htm 楼主也是看了amber官网的这个教程 跑QM/MM MD ...

不是这个教程，是http://blog.sina.com.cn/s/blog_3de5cbed0102w42z.html，还没跑通

http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial2/index.htm 楼主也是看了amber官网的这个教程 跑QM/MM MD 的吗？ 现在能跑起来了么

njfuzjs 发表于 2018-6-4 21:56
按照报错的提示，似乎需要读取restart文件继续跑

但是提醒的The system has extended beyond the extent of the virtual box.总觉得是CUT设置的问题，但又不敢乱改

njfuzjs 发表于 2018-6-4 21:54
你用的方法和基组有点烂啊

我用的是最简单的，先跑通之后再调整相关参数

sobereva 发表于 2018-6-5 06:31
盒子才50埃，为何CUT设那么大？体系是周期性的还是孤立的？

老师，体系是非周期性，我以为不考虑周期性边界条件，设成9999就行了呢，那现在我需要怎么改动一下呢？

盒子才50埃，为何CUT设那么大？体系是周期性的还是孤立的？

按照报错的提示，似乎需要读取restart文件继续跑

你用的方法和基组有点烂啊

16whzhengdn 发表于 2018-6-4 21:00
Frac coord min, max:   1.520452920200506E-002   1.00193751722515
The system has extended beyond
  ...

老师，这个是md.out报错部分

Frac coord min, max:   1.520452920200506E-002   1.00193751722515
The system has extended beyond
     the extent of the virtual box.
Restarting sander will recalculate
    a new virtual box with 30 Angstroms
    extra on each side, if there is a
    restart file for this configuration.
SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f)
Atom out of bounds. If a restart has been written,
restarting should resolve the error
"md.out" 1391L, 75614C