tangdu 发表于 2025-6-15 13:13
sobereva老师您好，目前用您这个博文http://sobereva.com/708里的方法，
---- Calculate various quantit ...

是

sobereva老师您好，目前用您这个博文http://sobereva.com/708里的方法，
---- Calculate various quantities in conceptual density functional theory ----
-3 Set degree of FMO degeneracy for options 1, 2 and 3, current: Nondegenerate
-2 Choose the quantum chemistry program used in option 1, current: Gaussian
-1 Toggle calculating electrophilicity index (w_cubic) and electrophilic descri
ptor (epsilon) by option 2, current: No
0 Return
1 Generate .wfn files for N, N+1, N-1 electrons states
2 Calculate various quantitative indices
3 Calculate grid data of Fukui function, dual descriptor and related functions
4 Set delta in orbital-weighted (OW) calculation, current: 0.1000 a.u.
5 Print current orbital weights used in orbital-weighted (OW) calculation
6 Calculate condensed OW Fukui function and OW dual descriptor
7 Calculate grid data of OW Fukui function and OW dual descriptor
8 Calculate nucleophilic and electrophilic superdelocalizabilities
9 Calculate grid data of Fukui potential and dual descriptor potential
选择2得到的txt文本文件里是不是就会自动生成包含用Hirshfeld电荷计算得到的各种简缩福井函数？

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-6 12:45
顶顶，不知道社长有没有看到上面的帖子，不论合适与否总还是希望有个回复（哪怕是指点fortran代码的语法错 ...

Multiwfn的设计着重考虑绝大多数人的需求，如果只有极少数用户有某个需求，我不打算为了这样用户的需求而多增加一步而给绝大多数用户造成额外的不便。有特殊需求的用户可以自己改源代码

顶顶，不知道社长有没有看到上面的帖子，不论合适与否总还是希望有个回复（哪怕是指点fortran代码的语法错误也行）

上面的写法太繁复了，实际上有个更简单的办法：

1. write(*,*) " If also outputting per-atom values for VMD use in current folder? (y/n)"
   
2. read(*,*) selectyn
   
3. if (selectyn=="y".or.selectyn=="Y") then
   
4.         open(42,file="peratom.vmd",status="replace")
   
5.         write(42,"('set chg {')")
   
6.         do i=1,ncenter
   
7.                 write(42,"('',f20.10,'')") rintval(iatm,1)
   
8.         end do
   
9.         write(42,"('}')")
   
10.         write(42,"('set atm [atomselect top ""all""] ; $atm set charge $chg ; $atm delete')")
    
11.         close(42)
    
12.         write(*,"(a)") " Result have been saved to peratom.vmd in current folder and can be moved to VMD directory"
    
13.         write(*,"(a)") " After loading the structure in VMD, set atomic charge to value above with command: source peratom.vmd"
    
14.         write(*,"(a)") " Then representation can use Charge as coloring method and show values in a color gradient"
    
15. end if

复制代码

对应丁烷双自由基的peratom.vmd大致为

1. set chg {
   
2. 0.81072659
   
3. 0.00404500
   
4. 0.00404500
   
5. -0.04755065
   
6. 0.01069185
   
7. 0.01069185
   
8. 0.04755065
   
9. -0.01069185
   
10. -0.01069185
    
11. -0.81072659
    
12. -0.00404500
    
13. -0.00404500
    
14. }
    
15. set atm [atomselect top "all"] ; $atm set charge $chg ; $atm delete

复制代码

如果子功能15的子选项1仅选择部分原子来计算，从fuzzy.f90前面if ( all(atmcalclist(1:natmcalclist)/=iatm) ) rintval(iatm,1)=0一句可以预想选择范围外的原子的值写作0，使这个VMD脚本里定义的chg列表始终有与总原子数相符的元素数，下面原子选区的all也能用。

一个小小的提议：在multiwfn源代码fuzzy.f90的Statistic results or post-processing部分，往if (isel==1) then分支的末尾添加类似下面的语句

1. write(*,*) " If also outputting per-atom values for VMD use in current folder? (y/n)"
   
2. read(*,*) selectyn
   
3. if (selectyn=="y".or.selectyn=="Y") then
   
4.         open(42,file="peratom.vmd",status="replace")
   
5.         do i=1,ncenter
   
6.                 write(42,"('set atm [atomselect top ""serial ',i6,'"" ] ; $atm set charge ',f20.10,' ; $atm delete')") iatm,rintval(iatm,1)
   
7.         end do
   
8.         close(42)
   
9.         write(*,"(a)") " Result have been saved to peratom.vmd in current folder and can be moved to VMD directory"
   
10.         write(*,"(a)") " After loading the structure in VMD, set atomic charge to value above with command: source peratom.vmd"
    
11.         write(*,"(a)") " Then representation can use Charge as coloring method and show values in a color gradient"
    
12. end if

复制代码

以在主功能15模糊原子分析的子选项1计算完毕后，除输出结果到窗口外还允许以VMD命令的格式打印结果于peratom.vmd文件中。

如丁烷双自由基自旋布居分析的例子，对应peratom.vmd的内容为

1. set atm [atomselect top "serial 1"] ; $atm set charge 0.81072659 ; $atm delete
   
2. set atm [atomselect top "serial 2"] ; $atm set charge 0.00404500 ; $atm delete
   
3. set atm [atomselect top "serial 3"] ; $atm set charge 0.00404500 ; $atm delete
   
4. set atm [atomselect top "serial 4"] ; $atm set charge -0.04755065 ; $atm delete
   
5. set atm [atomselect top "serial 5"] ; $atm set charge 0.01069185 ; $atm delete
   
6. set atm [atomselect top "serial 6"] ; $atm set charge 0.01069185 ; $atm delete
   
7. set atm [atomselect top "serial 7"] ; $atm set charge 0.04755065 ; $atm delete
   
8. set atm [atomselect top "serial 8"] ; $atm set charge -0.01069185 ; $atm delete
   
9. set atm [atomselect top "serial 9"] ; $atm set charge -0.01069185 ; $atm delete
   
10. set atm [atomselect top "serial 10"] ; $atm set charge -0.81072659 ; $atm delete
    
11. set atm [atomselect top "serial 11"] ; $atm set charge -0.00404500 ; $atm delete
    
12. set atm [atomselect top "serial 12"] ; $atm set charge -0.00404500 ; $atm delete

复制代码

把peratom.vmd移动到VMD目录，用VMD打开C4H8.xyz之类的丁烷双自由基结构文件，再在VMD命令行输入source peratom.vmd就可以把自旋布居的数值加载到每个原子的Charge属性，以便创建Coloring Method为Charge的显示方式来用渐变色表达。这样应该比文中说的“手动编辑得到chg文件再转换成pqr文件”要快捷些。

sobereva 发表于 2024-10-20 10:16
这怎么就构成了用NPA电荷的理由？
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobe ...

好的，谢谢老师

Acommunist 发表于 2024-10-18 16:56
老师，使用ADCH电荷绘制的着色图和NPA电荷数值差异较大，请问可以使用NPA电荷来绘制类似的着色图嘛

这怎么就构成了用NPA电荷的理由？
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）
上文介绍的我的综述文末的测试充分体现了ADCH能够很合理展现体系的电荷分布。

老师，使用ADCH电荷绘制的着色图和NPA电荷数值差异较大，请问可以使用NPA电荷来绘制类似的着色图嘛

sobereva 发表于 2018-6-20 17:18
8成是你用的Multiwfn太老
最新版本在读入.chg后，用那个选项导出的才是.pqr，老版本导出的是pdb

谢谢sobereva老师，我去官网下载了最新版本的Multiwfn，问题已解决。

陈丢丢 发表于 2018-6-20 14:03
sobereva老师，您好，我按照您说的方法将.chg文件转换成.pqr文件，我转换的是C4H8，都是按照您这个步骤下来 ...

8成是你用的Multiwfn太老
最新版本在读入.chg后，用那个选项导出的才是.pqr，老版本导出的是pdb

sobereva老师，您好，我按照您说的方法将.chg文件转换成.pqr文件，我转换的是C4H8，都是按照您这个步骤下来的，但我转换成.pqr文件后，打开我自己转换的.pqr文件和您转换的.pqr文件比较，发现不一样，自旋布居那列显示都是为1，请问下老师我是哪里错了吗？我上传了我转换的C4H8.pqr的截图。

正好要用到，及时雨-sob