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跑npt报错:The domain decomposition grid has shifted too much

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发布时间: 2018-5-31 15:38

正文摘要:

体系:400个正己醇、100个氯离子、50个铜离子 力场:Cu、Cl离子力场用的是 oplsaa.ff/ions.itp  ,正己醇信息来自于amber力场,分子间为 oplsaa.ff/forcefield.itp 操作: insert-molecular 把粒子都 ...

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sobereva 发表于 Post on 2018-5-31 19:51:48
跑到两边去是因为一开始你的盒子太大,填的分子太少,导致形成凝聚状态之后,真空区域太大。

没必要一开始跑NVT,直接跑NPT就完了
模拟前期如果不稳定,先用1fs小步长跑,跑稳定了再改成2fs
初始盒子可以小点。

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鱼叉君 + 2 谢谢

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