计算化学公社

标题: 关于用trjconv输出gro文件的问题 [打印本页]

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-5-7 17:00
标题: 关于用trjconv输出gro文件的问题
请问大家：
我使用gmx_mpi trjconv -f 1-nvt-end-whole-nojump.xtc -s nvt-end.tpr -o 1980.gro -b 1980 -e 1980想输出第1980 ps的结构文件（1980.gro）
但是生成的结构文件用vmd打开出错。原子都不知道跑到哪个国家去了。（我看轨迹图是完全没问题的）

谢谢大家！

作者
Author: mol 时间: 2018-5-7 17:19
输出第多少时间的构型可以用gmx_mpi trjconv -f 1-nvt-end-whole-nojump.xtc -s nvt-end.tpr -o 1980.gro -dump 1980
你的原子数太多了，通常原子序号占用4位，这样显示应该是HW1和后面的序号连起来导致的，可以把HW1紧挨着的那一列删掉

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-5-7 17:23
谢谢，我去试试。请问能不能用gmx生成的gro文件带有速度信息

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-5-7 18:14

mol 发表于 2018-5-7 17:19
输出第多少时间的构型可以用gmx_mpi trjconv -f 1-nvt-end-whole-nojump.xtc -s nvt-end.tpr -o 1980.gro - ...

您好，您的方法应该不行。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-5-7 18:34

mol 发表于 2018-5-7 17:19
输出第多少时间的构型可以用gmx_mpi trjconv -f 1-nvt-end-whole-nojump.xtc -s nvt-end.tpr -o 1980.gro - ...

这个应该不影响。gro文件的格式是严格的，每项内容占多少个字符都是精确定义了的。
例如：C格式："%5d%-5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f"
Fortran格式：(i5,2a5,i5,3f8.3,3f8.4)

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-8 03:56
压缩后上传文件（较大建议上传到网盘），便于大家找原因

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-8 03:57

虔诚的人发表于 2018-5-7 17:23
谢谢，我去试试。请问能不能用gmx生成的gro文件带有速度信息

trr文件里如果相应帧有速度信息，则转出的gro里就有

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-5-8 13:17

sobereva 发表于 2018-5-8 03:57
trr文件里如果相应帧有速度信息，则转出的gro里就有

嗯嗯，谢谢sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)