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标题: 计算氯化铜分子力场 [打印本页]

作者
Author: 鱼叉君 时间: 2018-4-27 13:53
标题: 计算氯化铜分子力场
大家好，最近刚接触MD，想做一个氯化铜在醇溶剂中的成团簇情况，实验上氯化铜在溶液中基本还是以分子形式存在，所以希望能有氯化铜形式的分子力场，搜索文献的时候发现铜离子和氯离子的力场比较多，想问下这个要自己算的话，高斯优化好一个氯化铜分子结构，然后以iop(6/33=2,6/42=6) pop=mk 为关键词计算，这样可以吗？谢谢大家~

作者
Author: tomwong4253 时间: 2018-4-27 14:25
本帖最后由 tomwong4253 于 2018-4-27 14:29 编辑

我认为你需要的不是iop(6/33=2,6/42=6) pop=mk，而是找一个适合你研究体系的力场。
你看到的这一堆操作我没猜错的话应该来自于antechamber的某个教程。本质上这个计算应用的是GAFF力场而不是gaussian算出来的什么力场，或者说这个关键词并没有获得你所谓的“力场”。

所谓gaussian里边用这些为关键词计算出来然后用antechamber去贴等等，只是读入了原子的RESP电荷。真正模拟所需要的其它所有参数（原子类型，键长键角二面角，vdw等等）是由GAFF等力场去定义的，gaussian仅仅这么操作可不会给你算出一整套分子力场出来。

RESP电荷搭配GAFF力场，是蛋白质类体系模拟中比较常用的计算诸如ATP等小分子的方式，准确说法是“使用GAFF力场搭配RESP电荷的小分子MD模拟”，而你的体系看起来不含蛋白。所以你的体系到底适合哪一类力场（AMBER GAFF or CHARMM），还请参考文献去确定。

作者
Author: 陈苏木 时间: 2018-5-23 21:33
您好，请问您最终确定合适的力场了吗？我最近也在寻找四氯化铜配合物的力场，一直没有头绪。望指教。谢谢

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-5-24 09:15
All MD simulations were carried out using GROMACS 4.5.5 package and OPLS force field.
这是我看的一篇金属配合物的模拟嘿嘿

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-5-24 15:13
如果当离子处理，两个离子的强静电作用可能足够描述你的体系了，可以先当离子试一下能不能重复实验数据。

不行的话就扫一下势能面然后用Morse势函数拟合。双原子分子还是比较好办的。

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